Естественный отбор мутаций вируса может сделать неэффективными традиционные тесты и вакцины
Синопсис
Это исследование на период 2020/21 года показывает быстрый рост новых мутантов и вариантов SARS-CoV-2 по всему геному во время репликации вируса во всем мире. В 10 странах от 40 до 65% мутантов имели переход от С к Т. Вирусные мутации повлияют на программы вакцинации.
Мы проанализировали> 383 500 последовательностей РНК SARS-CoV-2 на предмет наличия мутаций по всему геному. Определен временной ход мутаций, возникших в период с 01/2020 по 03/2021.
Первоначально мы идентифицировали ~ 10 распространенных мутаций. От 77 до 100 новых мутаций возникло одновременно с распространением Covid-19 в период с марта / апреля 2020 года по январь 2021 года, за которым последовало появление вариантов в декабре 2020 года.
Изучение патогенности вирусных мутаций поможет понять вспышки и симптомы Covid-19. Мониторинг отбора мутантов поможет в диагностике Covid-19, разработке вакцины и лечении. Новые мутанты поставят под угрозу эффективность вакцины.
Среди мутантов SARS-CoV-2 преобладали переходы от C к U с частотой от 40 до 65%. Клеточные цитозиндезаминазы, возможно, типа APOBEC, вероятно, управляют вирусным мутагенезом.
В документе объясняется
Проблема
После обширной репликации по всему миру были быстро отобраны мутанты SARS-CoV-2 с повышенным патогенетическим потенциалом. Детали вирусного мутагенеза и режимов отбора не изучены. Активные программы вакцинации против SARS-CoV-2 могут быть своевременно встречены еще более опасными мутациями SARS-CoV-2.
Полученные результатыЗа несколько периодов времени с января 2020 года по март 2021 года мы проверили> 383 500 полных последовательностей РНК SARS-CoV-2 из 10 разных стран на предмет наличия мутаций. В> 1700 последовательностях также были назначены аминокислотные замены. В то время как до апреля 2020 года преобладало около 10 мутаций, от 77 до 100 новых мутаций постепенно увеличивалось во временных интервалах до января 2021 года, когда сложные варианты, вызывающие озабоченность, возникли в Англии, Южной Африке и Бразилии. Мутации не ограничивались белком-шипом, а охватывали вирусный геном, и количество замен увеличилось до 90% молекул РНК. Непропорционально высокая частота переходов от цитидина к урацилу может быть связана с клеточными цитидиндезаминазами, возможно, типа APOBEC.
Влияние
Наши данные подтверждают скорость и эффективность отбора мутантов SARS-CoV-2, которые могут постепенно создавать проблемы для программ лечения и вакцинации. Наблюдение за вирусным мутантом должно выходить за рамки спайкового гликопротеина и включать функции репликации, нуклеокапсидный фосфопротеин и плохо нанесенные на карту открытые рамки считывания вирусного генома.
Вступление
В период с декабря 2019 года по 28 января 2021 года пандемия тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 (SARS-CoV-2) распространилась по всему миру на 219 стран и территорий; По данным Джонса Хопкинса, около 101,9 миллиона человек были инфицированы и около 2,2 миллиона (2,16%) погибли (Dong et al, 2020). Примечание добавлено в качестве доказательства: по состоянию на 4 мая 2021 года во всем мире было зарегистрировано 154,4 миллиона случаев COVID-19 и 3,23 миллиона смертельных случаев (2,09%) (https://www.worldometres.info/coronavirus/).
В нашей лаборатории мы решили следить за быстрым ростом новых мутаций в геноме SARS-CoV-2 по мере роста числа случаев COVID-19 во всем мире. Мы определили горячие точки мутаций в разных популяциях. Первоначально мы проанализировали последовательности SARS-CoV-2, которые были депонированы в базах данных в период с января по май / июнь 2020 года. Наблюдались как минимум 10 распространенных сайтов мутаций последовательностей, и до 80% нуклеотидов в мутированном сайте были заменены (Вебер и др., 2020). Некоторые из этих мутаций привели к несинонимичным аминокислотным изменениям в различных открытых рамках считывания вирусного генома. Эти изменения функциональных вирусных белков были отобраны во время активной репликации SARS-CoV-2 во всем мире. Мы продлили сроки анализа мутантов до 20 января, а для вариантов — до 31 марта 2021 года и обнаружили повышенную распространенность мутаций в геноме во всем мире. Мы специально исследовали мутации из США, Индии, Бразилии, России, Великобритании, Франции, Испании, Германии, Южной Африки и Китая, которые были депонированы в базе данных GISAID (Глобальная инициатива по обмену всеми данными о гриппе) (Elbe & Buckland- Мерритт, 2017).
По состоянию на 28 января 2021 года уровень инфицирования во всем мире был чрезвычайно высоким, превысив уровни, отмеченные на пике в апреле 2020 года (Dong et al, 2020). Неконтролируемое распространение привело к увеличению числа мутантов и вариантов, которые мы определяем как вирусы с определенным набором мутаций. Так называемый вариант для Великобритании, также известный как B.1.1.7 или, альтернативно, VOC202012 / 01, был впервые обнаружен в Англии в сентябре 2020 года и зарегистрирован 8 декабря как быстро распространяющийся вариант, вызывающий беспокойство, который имел в общей сложности 14 мутаций и три делеции. (подробности см. в таблице 1) (https://virological.org/t/preterior-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a -novel-set-of-spike-mutations / 563). Некоторые мутации связаны с геном белка Spike, который опосредует связывание, слияние и проникновение вируса в клетку-хозяин. Сообщалось, что одна из этих делеций, H69 / V70 del (ΔH69 / ΔV70), возникает во время лечения плазмой выздоравливающих (препринт: Kemp et al, 2021). Другая мутация Spike, N501Y, вызывает беспокойство, предполагается, что она взаимодействует с ACE2 и может снизить эффективность нейтрализующих антител (Yi et al, 2020). Этот вариант был связан с более высокой трансмиссивностью (https://khub.net/documents/135939561/338928724/SARS-CoV-2+variant+under+investigation%2C+meeting+minutes.pdf/962e866b-161f-2fd5-1030 -32b6ab467896 ; Волц и др., 2021 г.) и по крайней мере один подтвержденный случай повторного заражения (Harrington et al, 2021), приведший к блокировке и запретам на поездки в попытке сдержать его распространение. 23 декабря 2020 года, на момент блокировки, вариант уже был обнаружен в Австралии, Дании и Италии. По состоянию на 5 апреля 2021 г. этот вариант был зарегистрирован в 108 странах по данным GISAID (https://www.gisaid.org/hcov19-variants) (таблица 2).
Таблица 1. Мутации, связанные с вариантами B.1.1.7 (Великобритания), B.1.135 (Южная Африка), P.1 (Бразилия), P.2 (Бразилия), B.1.525 (Нью-Йорк), B.1.526 (Нью-Йорк), B.1.427 (Калифорния) и B.1.429 (Калифорния).
ГенВ. 1. 1.7B.1.135Стр.1Стр.2B.1.525B.1.526B.1.427B.1.429
МутацияМутацияМутацияМутацияМутацияМутацияМутацияМутация
ORF1ab
T1001I
P314F
P314L
L452R
S13I
A1708D
T2007O
Q1011H
D614G
W152C
I2230T
T265I
L452R
L3201P
D614G
SGF 3675-3677 delSGF 3675-3677 delSGF 3675-3677 del
3575-3677 del
nsp5
L205V
nsp6
Шип
H69 / V70 del
L18F
A67V
L5F *
Y144 del
D80A
H68 / V70del
T95I
N501Y
D215G
Y144del
D253G
A570D
R246I
S477N *
P681H
K417N
K417N
T716I
E484K
E484K
E484K
E484K
E484K *
S982A
N501Y
N501Y
D614G
D118H
A701Y
V1176F
Q677H* не во всех последовательностях
F888L
Orf8
Q27stop
R52I
Y73C
Нуклеокапсид
D3L
A119S
A12G
S235F
R203K
T205I
G204R
M234I
Таблица 2. B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.427 + B.1.429, B.1.525: Варианты, вызывающие озабоченность / интересующие SARS-CoV-2 по странам по состоянию на 31 марта 2021 г. В настоящее время, новые варианты обнаруживаются и характеризуются в быстрой последовательности. Эта таблица могла быть устаревшей на момент публикации. Для обновления данных обратитесь к GISAID (Shu & McCauley, 2017).
СтранаB.1.1.7B.1.351Стр.1B.1.429 и B.1.427B.1.525
Албания28 год
0
0
0
0
Ангола67
0
0
1
Аргентина2
0
0
1
0
Аруба1202131 год
0
Австралия242384178
Австрия414167
0
23
Бангладеш1019
0
0
0
Барбадос3
0
0
0
0
Беларусь1
0
0
0
0
Бельгия5 302655223124
Бонэйр91
0
0
0
0
Босния и Герцеговина21 год
0
0
0
0
Ботсвана
0
54
0
0
0
Бразилия711641
0
0
Британские Виргинские острова
0
0
0
1
0
Бруней
0
1
0
0
0
Болгария659
0
0
0
0
Камбоджа7
0
0
2
0
Камерун
0
1
0
0
1
Канада2395381501313
Каймановы острова2
0
0
0
0
Чили30
0
4210
0
Китай141
0
0
0
Колумбия
0
0
231
0
Коморские острова
0
6
0
0
0
Коста-Рика42
0
31
Берег Слоновой Кости7
0
0
0
4
Хорватия3527
0
0
0
Кюрасао107
0
0
0
0
Кипр10
0
0
0
0
Республика Чехия8638
0
0
0
Демократическая Республика Конго21
0
0
0
Дания488912
0
25121
Доминиканская Республика4
0
0
0
0
Эквадор14
0
0
0
0
Англия1
0
0
0
0
Эстония2733
0
0
0
Эсватини
0
20
0
0
0
Фарерские острова
0
0
1
0
0
Финляндия4009
0
14
Франция629053738430
Французская Гвиана4
0
8
0
0
Гамбия3
0
0
0
0
Грузия2
0
0
0
0
Германия21 038652636123
Гана1164
0
0
6
Гибралтар131
0
0
0
0
Греция70
0
0
0
0
Гваделупа91
0
32
Гуам
0
0
0
7
0
Венгрия29
0
0
0
0
Исландия20
0
0
0
0
Индия15115
0
0
17
Индонезия1034
0
0
0
Иран165
0
0
0
Ирландия4,5833911
0
16
Израиль1,769
0
0
7
0
Италия6 909
0
394173
Ямайка4
0
0
0
0
Япония45622251711
Иордания5023
0
2
Кения2037
0
0
0
Косово3
0
0
0
0
Кувейт1
0
0
0
0
Латвия150
0
0
0
0
Ливан2
0
0
0
0
Лесото
0
14
0
0
0
Литва4135
0
0
0
Люксембург6691803
0
1
Малави1152
0
0
0
Малайзия39
0
0
2
Мартиника6
0
0
0
0
Маврикий12
0
0
0
Майотта1378
0
0
1
Мексика33
0
5146
0
Молдова3
0
0
0
0
Монако11
0
0
0
Черногория7
0
0
0
0
Марокко1
0
0
0
0
Мозамбик
0
58
0
0
0
Намибия
0
9
0
0
0
Нидерланды6 85434159536
Новая Зеландия982344
0
Нигерия128
0
0
0
0
Северная Македония60
0
0
1106
Северные Марианские острова
0
0
0
1
0
Норвегия1,6301901222
Оман1
0
0
0
0
Пакистан7
0
0
0
0
Панама
0
1
0
0
0
Парагвай
0
0
5
0
0
Перу3
0
23
0
0
Филиппины39
0
0
0
0
Польша1 98710
0
0
9
Португалия1,7014820
0
3
Воссоединение
0
16
0
0
0
Румыния19112
0
0
Россия113
0
0
0
Руанда311
0
0
5
Санкт-Люсия9
0
0
0
0
Сенегал3
0
0
0
0
Сербия2
0
0
0
0
Сингапур8871
0
43
Синт-Мартен27
0
11330
Словакия6097
0
0
0
Словения839251
0
0
Южная Африка11,670
0
0
0
Южная Корея10351471
Испания4 35231 год20218
Шри-Ланка191
0
0
1
Швеция4290296152
0
Швейцария5 1341252949
Тайвань56
0
7
0
Таиланд12
0
0
0
1
Идти21
0
0
0
Тринидад и Тобаго1
0
0
0
0
Тунис1
0
0
0
0
Турция5221125212
Украина22
0
0
0
0
Объединенные Арабские Эмираты21 год5
0
0
0
Великобритания187 26743431 год16275
Соединенные Штаты15 11729025223 328182
Вьетнам11
0
0
0
0
Замбия
0
31 год
0
0
0
Зимбабве
0
194
0
0
0
18 декабря 2020 года в Южной Африке был объявлен еще один вызывающий беспокойство вариант, не связанный с вариантом для Великобритании, но также имеющий мутацию N501Y, который получил название 501Y.V2 или B.1.351 (Тегалли и др., 2021). Этот вариант характеризуется восемью мутациями в Spike, включая K417N, E484K и N501Y (https://virological.org/t/a-preterior-selection-analysis-of-the-south-african-v501-v2-sars- cov-2-clade / 573 ; Тегалли и др., 2021) (Таблица 1). По состоянию на 29 января 2021 г. этот вариант зарегистрирован в 68 странах на пяти континентах.
Также независимо друг от друга растут два бразильских варианта, которые теперь называются P.1 и P.2. P.1, которые имеют 17 уникальных аминокислотных замен, три делеции, четыре синонимичные мутации и одну вставку из 4 нуклеотидов (препринт: Faria et al, 2021) (Таблица 1). P.1 разделяет N501Y и делецию в ORF1ab как с британским, так и с южноафриканским вариантом. Интересно отметить, что мутация N501Y не была широко распространена в Бразилии до того, как этот вариант был описан, в то время как E484K более распространен, хотя Бразилия не секвенирует большое количество образцов. Мутации E484K и N501Y вызывают особую озабоченность, поскольку предполагается, что они снижают нейтрализацию антителами и повышают сродство к ACE2. P.1 и B.1.351 имеют общие мутации N501Y и E484K (Таблица 1). P.1 был связан со случаем задокументированного повторного заражения (https://virological.org/t/sars-cov-2-reinfection-by-the-new-variant-of-concern-voc-p-1-in -amazonas-brazil / 596), и 225 случаев были зарегистрированы в Соединенных Штатах, а случаи из 32 других стран были депонированы в GISAID. P.2, не связанный с P.1, характеризуется мутацией E484K и участвовал в двух случаях повторного заражения (Nonaka et al, 2021 ; https://virological.org/t/spike-e484k-mutation-in- the-first-sars-cov-2-reinfection-case -tified-in-brazil-2020/584). Анализ образцов в Южной Калифорнии привел к идентификации «калифорнийского варианта» (Zhang et al, 2021), также известного как B.1.429 или B.1.427 (https://www.cdph.ca.gov/Programs/CID/DCDC/Pages/COVID-19/COVID-Variants.aspx) в зависимости от характера мутаций. В таблице 1 описана картина мутаций. Нью-йоркский вариант был описан в тот же период времени (препринт: Annavajhala et al, 2021 ; препринт: West et al, 2021), хотя пока не считается вариантом, вызывающим озабоченность. B.1.525 также был обнаружен в Нью-Йорке и представляет собой интересный вариант (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html).
Эти варианты вызвали опасения относительно эффективности вакцин. Недавно в препринте: Wang et al (2021) описана эффективность вакцины мРНК-1273 против многих спайковых мутаций, испытанных как по отдельности, так и в комбинации. Они показывают, что сыворотки как от вакцинированных нечеловеческих приматов, так и от вакцинированных людей эффективны против британского варианта и различных других спайковых мутаций. Они также обнаружили нейтрализацию, хотя и на более низком уровне, в отношении полного варианта B.1.135 для Южной Африки. Было показано, что вакцина Pfizer BNT162b2 эффективна только против мутанта N501Y (Xie et al, 2021), а также против британского варианта B.1.117 (Collier et al, 2021). Также были предварительные данные от двух других производителей вакцин, показывающие эффективность против южноафриканского варианта. Чтобы проиллюстрировать рост количества мутаций и вариантов с течением времени, мы перечисляем количество вариантов и мутаций, депонированных в GISAID во всем мире с течением времени (рисунок 1). В таблице 2 указано количество вариантных последовательностей, депонированных в GISIAD, по странам.
Фигура 1.
Относительная доля мутаций и вызывающих озабоченность вариантов, депонированных в GISAID по состоянию на 31 марта. Изучение временного курса.
СКАЧАТЬ РИСУНОК
СКАЧАТЬ POWERPOINT
Быстрое появление вариантов по всему миру демонстрирует важность секвенирования вирусных патогенов и отслеживания мутаций. Появляются доказательства того, что эти варианты могут изменять трансмиссивность и потенциально снижать эффективность существующих вакцин против COVID-19. Секвенирование SARS-CoV-2 является как научным, так и клиническим императивом (https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2021/01/Report-2_COG-UK_SARS-CoV-2-Mutations.pdf). Поскольку секвенирование нуклеиновых кислот в образцах SARS-CoV-2 в настоящее время не является частью рутинной клинической практики, необходимо создать программы для мониторинга вариации последовательностей как само собой разумеющееся, чтобы обнаружить мутации в вирусном геноме.
Следствием отсутствия рутинного вирусного секвенирования является то, что это может способствовать систематической ошибке отбора. Последовательности, депонированные в GISAID, могут не отражать распространенность вируса, поскольку разные страны вносят разное количество последовательностей. Также возможно, что систематическая ошибка отбора может быть врожденной, поскольку разные страны вносят платежи по разным ставкам и часто не случайным образом. Может случиться так, что более интересные образцы или образцы, которые с большей вероятностью будут считаться вариантами, предпочтительно будут упорядочены. Это вероятный случай для образцов, выбранных для секвенирования из-за SGTF (несостоятельность мишени спайкового гена). Было обнаружено, что Spike ΔH69 / ΔV70 вызывает так называемое выпадение S, делая тест нуклеиновой кислоты (NAT) отрицательным для Spike (S) и положительным для нуклеокапсида (N). Поскольку это одна из мутаций в B.1.1.7,и др., 2021). Несмотря на то, что это удаление полезно для скрининга, оно может создать систематическую ошибку отбора, поскольку у пациентов с положительным результатом на SARS-CoV-2 с выпадением S может быть предпочтительнее секвенировать образцы, поскольку оценивается распространенность нового варианта.
Быстрое увеличение количества и типов новых мутаций SARS-CoV-2 в мировой популяции в течение периода времени от нескольких недель до месяцев является замечательным биологическим событием. Неконтролируемая быстрая репликация SARS-CoV-2 в иммунологически наивной популяции мира с начала 2020 года стала тревожным сигналом о необходимости секвенирования и отслеживания эволюции новых патогенов, поскольку эти мутации и варианты вызвали опасения относительно повышенной передачи, иммунитета. побег, а также эффективность вакцин и достоверность диагностических тестов.
Полученные результаты
Динамика появления мутаций в десяти разных странахМы исследовали мутации в 383 570 полных последовательностях с известными датами выборки в GISAID до 20 января 2021 года. На рисунке 1 показано всемирное распределение мутаций Spike, а также других представляющих интерес вариантов во времени с апреля 2020 года по 31 марта 2021 года из полных последовательностей. с известной датой сбора, депонированные в GISAID. В таблице 1 перечислены сигнатурные мутации для вариантов. В таблице 2 показано общее количество полных последовательностей для каждого интересующего варианта (B.1.1.7 (вариант для Великобритании), 501Y.V2 (вариант для Южной Африки) и 484K.V2 (линия B.1.1 с S: E484K / D614G, V1176F N: A199S / R203K / G204R), депонированные в GISAID каждой страной по состоянию на 31 марта 2021 г.
В 2020 году отбор новых мутаций у людей был быстрым и частым. Среди новых мутаций, обнаруженных в текущем исследовании, некоторые были замечены только в одной стране, а другие — в нескольких разных странах. Мы представим идентифицированные мутации, возникающие в странах с РНК SARS-CoV-2, по странам за обозначенные периоды времени (таблицы 3–12). Данные, охватывающие анализ динамики появления мутаций и их природы в большинстве из десяти разных стран, представлены в таблицах 3A – 12A.. В соответствующих таблицах B суммировано общее количество мутаций в положении отдельной последовательности при пороговом значении 2% за период с 19.01.2020 по 20.01.2021, то есть за весь первый год COVID-19. Конечно, можно утверждать, что ограничение регистрации мутантов на уровне 2% является произвольным. Однако мы не можем с уверенностью предсказать, какие мутации с низкой частотой встречаемости в настоящее время станут более преобладающими в будущем во время быстрой репликации вируса во всем мире в рамках текущей пандемии. Возможной стратегией будет установка программ наблюдения за мутантами и постоянная готовность к появлению новых мутаций. Эта стратегия может быть реализована только с помощью высокоэффективных стратегий секвенирования РНК SARS-CoV-2, которые необходимо будет внедрять как можно шире и без промедления.
Таблица 3. Великобритания.
ДолжностьМесто расположенияМутация19.01.2020–20.01.2021
Общее количествоПроцент
66nt5´UTR
С → Т2 7873.9
204nt
G → T20 77029.07
241nt
С → Т69 16096,81
445nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокТ → С34 50548,3
1,163ntnsp2
А → Т2,5443,56
1,210nt
G → T1,4402,02
1,513nt
С → Т1,5282,14
1,947т
Т → С1,5762,21
1,987т
А → G30184,22
3,037ntnsp3
С → Т69 23196,91
3,256nt
Т → С2,5233,53
4 002 н.
С → Т1,5192,13
4,543т
С → Т1,5162,12
6,286nt
С → Т34 65048,5
6,807nt
С → Т2,2203.11
7,528nt
С → Т1,5242,13
7,926nt
С → Т2 8183,94
8,683ntnsp4
С → Т2 1893,06
9,745nt
С → Т3 6405.1
9,802 н.т.
G → T1,4492,03
10,097nt3C-подобная протеиназаG → A2 9544,13
10 870 тонн
G → T31864,46
11,083ntnsp6
G → T57348,03
11,396nt
С → Т2 2863.2
11,533т
А → G1,9602,74
11,781nt
А → G23683,31
12,067ntnsp7
G → T1,7092.39
13,536nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т1 5022.1
14 202 н.
G → T2,5223,53
14,408nt
С → Т69 23796,92
14 805 н.т.
С → Т18602,6
15,406nt
G → T2,0772,91
18,877nt3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т3 8275,36
19,542 н.
G → T2,5823,61
19,718ntэндоРНКаза
С → Т2 6453,7
20,268nt
А → G1,9992,8
21,255nt2'-O-рибоза метилтрансферазаG → C34 49448,28
21,575 т
Спайковый гликопротеинС → Т1 5022.1
21,614nt
С → Т17 56124,58
21,637nt
С → Т2 6973,78
22,227nt
С → Т34 85548,79
22,346nt
G → T2,2443,14
22,377nt
С → Т1,5182,12
22,388nt
С → Т2,5403,56
22 444 н.
С → Т2,0852,92
22,992nt
G → A1,6362,29
23,403nt
А → G69 26296,95
23,731nt
С → Т2 9404,12
24,334nt
С → Т10 44214,62
25,563 т
ORF3a
G → T5,7748,08
25,614 т
С → Т2 7373,83
26,060nt
С → Т2 6323,68
26,144nt
G → T1,7482,45
26,424nt
Белок оболочки
Т → С1,9572,74
26,735nt
Мембранный гликопротеинС → Т3 7605,26
26 801 т
C → G34 45948,24
27,769nt
ORF7b
С → Т2 7063,79
27,944nt
ORF8
С → Т25 17735,24
28,169nt
А → G2 6933,77
28,854nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т3 6835,16
28,881nt
G → A23 97533,56
28,882nt
G → A23 94733,52
28,883nt
G → C23 94633,52
28,932nt
С → Т34 53648,34
29,227nt
G → T2,5663,59
29,366nt
С → Т1,7432,44
29,466nt
С → Т2,5783,61
29,555nt
В верхнем и нижнем направлениях ORF10 ORF9С → Т1,4662,05
29 645 тонн
ORF10
G → T34 68448,55
29,771nt3´UTR
А → G2,4753,46
Подробная информация о мутантном анализе 7144 изолятов SARS-CoV-2 на предмет отклонений от эталонной последовательности в Ухане. Эти последовательности были депонированы в рамках инициативы GISAID между 19.01.2020 и 20.01.2021. Для оформления таблиц см. Легенду к таблице 5.
Таблица 4. ЮАР.
(А) 01.09–12.07.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьЗаболеваемость
174nt5´UTR
GT → TT12/95
DE, США
неэффективный
241nt
CG → TG95/95
Преобладающий
неэффективный
1,059тnsp2
CC → TC10/95
Преобладающий
CC (треонин) → A TC (изолейцин)
2,164nt
GA → CA11/95
В
GA GA AG (лизин глутаминовой кислоты) → GA CA AG (лизин аспарагиновой кислоты)
3,037ntnsp3
CT → TT95/95
Преобладающий
неэффективный
5,230nt
GT → TT12/95
DE
AA GT GG (лизин-триптофан) → AA TT GG (аспарагин-триптофан)
6,762nt
CT → TT13/95
Уникальный
A CT (треонин) → AT T (изолейцин)
10,323nt3C-подобная протеиназаAG → GG11/95
Уникальный
A AG (лизин) → A GG (аргинин)
11,230ntnsp6
GC → TC11/95
Уникальный
AT GC CT (метионин пролин) → AT TC CT (изолейцин пролин)
12 503 тnsp8
TA → CA26/95
Уникальный
TA T (тирозин) → CA T (гистидин)
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT95/95
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
20,268ntэндоРНКаза
AG → GG21/95
FR, ES, RU
неэффективный
21 801 н.т.
Спайковый гликопротеинAT → CT10/95
Уникальный
G AT (аспарагиновая кислота) → G CT (аланин)
22,675 т
CG → TG10/95
Уникальный
неэффективный
22,813nt
GA → TA10/95
DE
неэффективный
23,012nt
GA → AA12/95
В
GA A (глутаминовая кислота) → AA A (лизин)
23,403nt
AT → GT95/95
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
23,664nt
CA → TA14/95
ES, IN
G CA (Аланин) → G TA (Валин)
25,563 т
ORF3a белок
GA → TA10/95
Преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
25 770 тн
GC → TC20/95
RU
AG GC TT (аргинин лейцин) → AG TC TT (серин лейцин)
25 904 н.
CA → TA10/95
BR, DE
T CA (серин) → T TA (лейцин)
26,456nt
Белок оболочки
CT → TT10/95
Уникальный
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
28,253nt
ORF8 белок
CA → TA14/95
BR, DE, ES, FR, US
неэффективный
28,854nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинCA → TA23/95
CN, DE, ES, FR, IN, RU
T CA (серин) → T TA (лейцин)
28,881nt
GGG → AAC61/95
Преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
28,887nt
CT → TT11/95
BR, CN, FR, IN, RU
A CT (треонин) → A TT (изолейцин)
29,721nt3´UTR
CC → TC26/95
Уникальный
неэффективный
(В) 19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
174nt5´UTR
G → T18110,17
241nt
С → Т1,77299,61
355nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокС → Т593,32
1,059тnsp2
С → Т1498,38
2,094nt
С → Т382,14
2,164nt
G → C844,72
2,692nt
А → Т41 год2.3
3,037ntnsp3
С → Т1,74698,15
4 002 н.
С → Т1659,27
4,093nt
С → Т482,7
5,230nt
G → T1478,26
6,027nt
С → Т462,59
6,762nt
С → Т17810.01
7,064nt
А → G1246,97
8,660 тоннnsp4
С → Т693,88
8,964 т
С → Т693,88
9,498nt
Т → С362,02
10,097nt3C-подобная протеиназаG → A1639,16
10,323nt
А → G1699,5
11,083ntnsp6
G → T603,37
11,230nt
G → T754,22
11,447nt
G → A1297,25
12 503 тnsp8
Т → С38921,87
13,536nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т1709,56
14,408nt
С → Т1,77399,66
14,925 т
С → Т713,99
16,376nt
Геликаза
С → Т543,04
16,490nt
С → Т392,19
16,853 т
G → T472,64
16,946 т
С → Т43 год2,42
18,747nt3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т1156,46
20,234ntэндоРНКаза
С → Т422.36
20,268nt
А → G20911,75
21 801 н.т.
Спайковый гликопротеинА → С1427,98
22,206nt
А → G713,99
22,287nt
Т → А864.83
22,299nt
G → T693,88
22,675 т
С → Т29016,3
22,813nt
G → T1397,81
23,012nt
G → A1468.21
23,063nt
А → Т1407,87
23,403nt
А → G1,77299,61
23,625 т
С → Т532,98
23,664nt
С → Т1548,66
23,731nt
С → Т1619,05
25,455nt
ORF3a
G → T653,65
25,521nt
С → Т663,71
25,563 т
G → T1488,32
25 770 тн
G → T28516.02
25 904 н.
С → Т1438,04
26,456nt
Белок оболочки
С → Т1407,87
26,586nt
Мембранный гликопротеинС → Т623,49
27,384nt
ORF6
Т → С1206,75
27 504 н.
ORF7a
Т → С502,81
28,077nt
ORF8
G → T744,16
28,253nt
С → Т17810.01
28,854nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т1739,72
28,881nt
G → A1,23869,59
28,882nt
G → A1,23869,59
28,883nt
G → C1,23869,59
28,887nt
С → Т1528,54
29,425 т
G → T1176.58
29,721nt3´UTR
С → Т38821,81
В таблице представлены характеристики мутантов SARS-CoV-2 из южноафриканских изолятов. Для оформления таблиц см. Легенду к таблице 5.
Таблица 5. США.
(А) 29 февраля — 26 апреля 2020 г. *12 июня — 07 июля 2020 г. *09.07–22.07.202001.08–12.01.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьСчитатьСчитатьСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG76/11174/9699/99116/117
Преобладающий
неэффективный
1,059тnsp2
CC → TC42/11245/9730/9956/117
Преобладающий
CC (треонин) → A TC (изолейцин)
1,917т
CT → TT0/11211/970/990/117
CN
A CT (треонин) → A TT (изолейцин)
2,416nt
CA → TA9/1124/971/993/117
CN, ES, FR, RU, ZA
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT75/11272/9799/99117/117преобладающий
неэффективный
3,871nt
GA → TA0/1120/9729/994/117
FR, ZA
AA GA TC (лизин-изолейцин) → AA TA TC (аспарагин-изолейцин)
3,931nt
TG → CG0/1120/9729/994/117
Уникальный
неэффективный
4,226nt
CC → TC0/1120/9728/990/117
Уникальный
CC A (пролин) → TC A (серин)
5 672 н.
CC → TC0/1120/9728/990/117
Уникальный
CC T (пролин) → TC T (серин)
7,837nt
AG → CG0/1120/9728/990/117
CN
TT AG AC (лейцин аспарагиновая кислота) → TT CG AC (фенилаланин аспарагиновая кислота)
8,083nt
GG → AG0/1120/970/9918/117
Уникальный
AT GG AA (метионин-глутаминовая кислота) → AT AG AA (изолейцин-глутаминовая кислота)
8,782ntnsp4
CC → TC15/11215/970/990/117
CN, DE, ES, IN
неэффективный
10,139 т3C-подобная протеиназаCT → TT0/1120/970/9929/117
Уникальный
CT T (лейцин) → TT T (фенилаланин)
12,025ntnsp7
CA → TA0/1120/9711/992/117
Уникальный
неэффективный
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT78/11271/9799/99117/117
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
17,747nt
Геликаза
CT → TT8/11212/970/990/117
FR
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
17,858nt
AT → GT8/11212/970/990/117
ZA
T AT (тирозин) → T GT (цистеин)
18 060 тонн3´-к-5´ экзонуклеазаCT → TT9/11211/970/990/117
ZA
неэффективный
18,424nt
AA → GA0/1120/970/9926/117
Уникальный
AA T (аспарагин) → GA T (аспарагиновая кислота)
18,486nt
CA → TA0/1120/9713/992/117
Уникальный
неэффективный
18,877nt
CT → TT13/1121/976/993/117
BR, DE, ES, FR, IN
неэффективный
19,677 тэндоРНКаза
GG → TG0/1120/9726/990/117
Уникальный
CA GG GT (глутамин глицин) → CA TG GT (гистидин глицин)
19,839 т
TA → CA0/1120/9711/997/117
CN, DE, ES, FR, RU
неэффективный
20,268nt
AG → GG2/1125/9715/9929/117
FR, ES, RU, ZA
неэффективный
21,304nt2'-O-рибоза метилтрансферазаCG → TG0/1120/970/9925/117
ES
CG C (аргинин) → TG C (цистеин)
22,162nt
Спайковый гликопротеинTT → CT0/1120/9713/992/117
Уникальный
неэффективный
23,403nt
AT → GT77/11272/9799/99117/117
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
23 707 нт.
CA → TA0/1120/9711/993/117
Уникальный
неэффективный
25 907 нт.
ORF3a белок
GT → TT0/1120/970/9926/117
Уникальный
G GT (глицин) → G TT (валин)
25,563 т
GA → TA65/11254/9737/9966/117
Преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
27,964nt
ORF8 белок
CA → TA13/1126/974/9931/117
Уникальный
T CA (серин) → T TA (лейцин)
28,144nt
TA → CA15/11215/970/990/117
CN, DE, ES, IN
T TA (лейцин) → T CA (серин)
28 472 н.
Нуклеокапсидный фосфопротеинCC → TC0/1120/970/9922/117
Уникальный
CC T (пролин) → TC T (серин)
28,821nt
CT → AT0/1120/979/995/117
Уникальный
T CT (серин) → T AT (тирозин)
28,854nt
CA → TA3/1120/9713/9928/117
CN, DE, ES, FR, IN, RU
T CA (серин) → T TA (лейцин)
28,869nt
CA → TA0/1120/970/9925/117
DE
C CA (пролин) → C TA (лейцин)
28,881nt
GGG → AAC3/1121/9717/9917/117
Преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
28,887nt
CT → TT0/1121/971/9910/117
BR, CN, FR, IN, RU
A CT (треонин) → A TT (изолейцин)
28,977nt
CT → TT0/1120/9729/994/117
CN
T CT (серин) → T TT (фенилаланин)
(В) 19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
36nt5´UTR
С → Т1,1882,24
241nt
С → Т48 82692,24
833ntnsp2
Т → С1,1712,21
1,059т
С → Т28 84454,49
3,037ntnsp3
С → Т49 07792,71
8,083nt
G → A2,7795,25
8,782ntnsp4
С → Т2,7985,29
10,319 т3C-подобная протеиназаС → Т8 46515,99
10,323nt
А → G1,1762,22
10,741nt
С → Т1,1202,12
11,083ntnsp6
G → T1,6123,05
11,916ntnsp7
С → Т1,6703,15
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т49 14092,83
14 805 н.т.
С → Т31766
16,260 тонн
Геликаза
С → Т1,7973,39
17,747nt
С → Т2,0493,87
17,858nt
А → G2,0843,94
18 060 тонн3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т21354,03
18,424nt
А → G6 70812,67
18,877nt
С → Т1,5172,87
19,839 тэндоРНКаза
Т → С1,9553,69
20,268nt
А → G6 74212,74
21,304nt2'-O-рибоза метилтрансферазаС → Т6 60312,47
23,403nt
Спайковый гликопротеинА → G49 15492,86
23,604nt
С → А1,2382.34
24,076nt
Т → С2 1484.06
25,563 т
ORF3a
G → T31 24159,02
25 907 нт.
G → T6 36912,03
27,964nt
ORF8
С → Т12 00222,67
28,144nt
Т → С2 7905,27
28 472 н.
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т6 47312,23
28,821nt
С → А18213,44
28,842nt
G → T1,1522,18
28,854nt
С → Т6 69412,65
28,869nt
С → Т6 64012,54
28,881nt
G → A6 88713.01
28,882nt
G → A6 84812,94
28,883nt
G → C6 84712,93
28,887nt
С → Т1,0902,06
29,402nt
G → T1,6303,08
29,784nt3´UTR
С → Т1,0622,01
29 870 тн
С → А1,9903,76
Общий вид этой таблицы аналогичен таблицам 3, 4 и 7–12 с небольшими изменениями. Часть A: Из общего анализа всей последовательности РНК SARS-CoV-2 из 112 (US-I), 97 (US-II), 99 (US-III) и 117 (US-IV) случайно выбранных изолятов, мутированные нуклеотиды (nt) — по сравнению с исходной последовательностью из Ухани — были занесены в таблицу. Были указаны фактические периоды времени отбора мутантов для образцов от US-I до US-IV. Обратите внимание, что в некоторых таблицах, например в таблице 5A, мутации анализировались в разные промежутки времени. Раньше и позже эти временные интервалы обозначались в тексте как US-I, US-II и т. Д. Такая же номенклатура использовалась и в других таблицах, если изучалось более одного временного интервала. Мутации, ранее обозначенные как «горячие точки сигнала» (Weberet al, 2020, т.е. 241–1,059–1,440–2,891–3,037–8,782–14,408–23,403–25,563–28,144–28,881) теперь обозначены как «распространенные». * В столбцах US-I и US-II обозначает предыдущую публикацию в (Weber et al, 2020). Фактические нуклеотидные изменения были указаны в третьем столбце, наиболее частым из которых является C → T (здесь 61,5%), как сообщалось ранее (Simmonds, 2020 ; Weber et al, 2020). Расположение мутаций в вирусном геноме и аминокислотных обменов как следствие отдельных мутаций занесено в таблицы в столбцах 2 и 3, соответственно. В столбцах с 4 по 7 указаны фактические частоты мутаций в четырех временных интервалах (от US-1 до US-IV). Были выбраны следующие обозначения для отдельных стран: BR для Бразилии, CN для Китая, DE для Германии, FR для Франции, IN для Индии, RU для России, ES для Испании, ZA для Южной Африки, UK для Великобритании и США для Соединенные Штаты.
GGG → AAC представляет собой неточечную мутацию в положении нуклеотида 28,881, которая генерирует высокоосновную аминокислотную последовательность в нуклеокапсидном фосфопротеине SARS-CoV-2. Мы предположили, что эта мутация могла возникнуть в результате рекомбинации между различными вирусными молекулами РНК (Weber et al, 2020).
Часть B: Всего было проанализировано 5710 последовательностей РНК SARS-CoV-2 из источника GISAID. Отклонения от эталонной последовательности в Ухане с частотой встречаемости> 2% были обнаружены на 42 участках последовательности. Дальнейшие подробности описаны в тексте.
Таблица 6. Индия.
(А)27.01–05 / 2020 *06 / 03–07.04.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG82/9995/98
Преобладающий
неэффективный
2,292ntnsp2
AG → CG0/9922/98
Уникальный
C AG (глутамин) → C CG (пролин)
2,836ntnsp3
CT → TT23/9944/98
Уникальный
неэффективный
3,037nt
CT → TT81/9996/98
Преобладающий
неэффективный
3,634nt
CA → TA8/9917/98
ZA
неэффективный
4,084nt
CA → TA12/991/98
ZA
неэффективный
4,300т
GC → TC0/9916/98
Уникальный
неэффективный
6,312nt
CA → AA10/990/98нас
A CA (треонин) → A AA (лизин)
11,083ntnsp6
GT → TT13/990/98
BR, CN, DE,
TT GT AT (лейцин тирозин) → T TT (фенилаланин)ES, FR, США,
ZA
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT80/9991/98
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
15 324 т
CA → TA7/9918/98
B, C, G, F
неэффективный
16,512nt
Геликаза
AT → GT0/9911/98
Уникальный
неэффективный
18,568nt3´-к-5´ экзонуклеазаCT → TT0/9922/98
Уникальный
CT C (лейцин) → TT C (фенилаланин)
18,877nt
CT → TT45/9951/98
BR, DE, ES,
неэффективный
FR, США
19,154nt
CA → TA0/9912/98
Уникальный
A CA (треонин) → A TA (изолейцин)
21,724nt
Спайковый гликопротеинGT → TT6/9923/98
RU
TT GT TC (лейцин фенилаланин) → TT TT TC (фенилаланин фенилаланин)
22 444 н.
CC → TC26/9948/98нас
неэффективный
23,403nt
AT → GT80/9996/98
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
23,929nt
CA → TA10/990/98
FR, RU, США
неэффективный
25,563 т
ORF3a белок
GA → TA43/9951/98
Преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
26,735nt
Мембранный гликопротеинCA → TA39/9949/98
DE, ES, FR,
неэффективныйнас
28,311nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинCC → TC10/990/98
Уникальный
C CC (пролин) → C TC (лейцин)
28,854nt
CA → TA29/9941/98
CN, DE, ES,
T CA (серин) → T TA (лейцин)FR, RU, США,
ZA
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
241nt5´UTR
С → Т2 81685,93
313nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокС → Т94428,81
1,947тnsp2
Т → С1003,05
2,292nt
А → С732,23
2,836ntnsp3
С → Т2818,57
3,037nt
С → Т2 82486,18
3,634nt
С → Т2838,64
4,300т
G → T702,14
4,354nt
G → A2276,93
4,372nt
А → G722.2
5,700т
С → А94928,96
6,312nt
С → А3029,22
6,573nt
С → Т2286,96
8,782ntnsp4
С → Т742,26
8,917т
С → Т1223,72
9,693nt
С → Т1564,76
11,083ntnsp6
G → T36911,26
13,730nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т33210,13
14,408nt
С → Т2 76884,47
15 324 т
С → Т2858,7
16,626 т
Геликаза
С → Т1434,36
18,568nt3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т712,17
18,877nt
С → Т65419,96
19,524nt
С → Т692.11
21,550т2'-O-рибоза метилтрансферазаА → С1153,51
21,551nt
А → Т1123,42
21,724nt
Спайковый гликопротеинG → T1093,33
22 444 н.
С → Т50715,47
22,468nt
G → T762.32
23,403nt
А → G2 83286,42
23,929nt
С → Т2989.09
25,528nt
ORF3a
С → Т2226,77
25,563 т
G → T65219,9
26,735nt
Мембранный гликопротеинС → Т65419,96
27,384nt
ORF6
Т → С772.35
28,144nt
ORF8
Т → С732,23
28,311nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т2999,12
28,854nt
С → Т54116,51
28 878 тонн
G → A702,14
28,881nt
G → A1,43443,76
28,882nt
G → A1,43043,64
28,883nt
G → C1,43043,64
29,474nt
G → T722.2
29,750т3´UTR
С → Т742,26
29,868ntв нижнем течении ORF10G → A35110,71
29 870 тн
С → А1544,7
В таблице представлены характеристики мутантов SARS-CoV-2 из изолятов, собранных в индийской популяции. Для оформления таблиц см. Легенду к таблице 5.
Таблица 7. Бразилия.
(А)25.02–15.08.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG95/101
Преобладающий
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT97/102
Преобладающий
неэффективный
12,053ntnsp7
CT → TT16/102
Уникальный
CT T (лейцин) → TT T (фенилаланин)
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT96/102
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
23,403nt
Спайковый гликопротеинAT → GT97/102
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
25,088nt
GT → TT25/102
Уникальный
GT T (валин) → TT T (фенилаланин)
27,299nt
ORF6 белок
TA → CA41/102
FR
A TA (изолейцин) → A CA (треонин)
28,881nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинGGG → AAC73/102
Преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
29 148 тн
TC → CC41/100
FR, RU
ТС (изолейцин) → A, CC (треонин)
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
25nt5´UTR
Т → А43 год3,89
25nt
Т → G232,08
100nt
С → Т978,77
241nt
С → Т1,08798,28
3,037ntnsp3
С → Т1,09398,82
3,766nt
Т → С494,43
6,319 т
А → G322,89
10,667nt3C-подобная протеиназаТ → G988,86
11,083ntnsp6
G → T292,62
11,824nt
С → Т988,86
12,053ntnsp7
С → Т31828,75
12,964ntnsp9
А → G898,05
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т1,09198,64
23,012nt
Спайковый гликопротеинG → A988,86
23,403nt
А → G1,09398,82
25,088nt
G → T46341,86
26 149 н.
ORF3a
Т → С31 год2,8
27,299nt
ORF6
Т → С45941,5
28,253nt
ORF8
С → Т1109,95
28,628nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинG → T998,95
28,881nt
G → A1,03193,22
28,882nt
G → A1,03193,22
28,883nt
G → C1,03193,22
28,975 т
G → T1019,13
29 148 тн
Т → С46642,13
29,754nt3´UTR
С → Т958,59
29,861nt
G → T332,98
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Таблица 8. Россия.
(А)24.03–06.07.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG215/226преобладающий
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT224/226преобладающий
неэффективный
3,140т
CC → TC13/226уникальный
CC T (пролин) → AA TC TT (аспарагин лейцин)
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT225/226преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
20,268ntэндоРНКаза
AG → GG32/226
ES, FR, США,
неэффективный
ZA
23,403nt
Спайковый гликопротеинAT → GT226/226преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
25,563 т
ORF3a белок
GA → TA10/226преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
26,750т
Мембранный гликопротеинCA → TA45/226уникальный
неэффективный
27,415nt
ORF6 белок
GC → TC10/226уникальный
GC A (аланин) → TC A (серин)
28,881nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинGGG → AAC172/226преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
30nt3´UTR
А → G57 год4,75
241nt
С → Т1,16797,33
1,059тnsp2
С → Т31 год2,59
3,037ntnsp3
С → Т1,18899,08
3,177nt
С → Т28 год2.34
3,373nt
С → А43 год3,59
6,874 т
Т → G726.01
6,883т
С → Т383,17
8,887ntnsp4
А → G1089.01
11,029ntnsp6
G → A41 год3,42
11,083nt
G → T322,67
12,316ntnsp8
А → G28 год2.34
12,886ntnsp9
А → G393,25
13 599 т. Н.
РНК-зависимая РНК-полимеразаТ → С635,25
14,408nt
С → Т1,18098,42
15,540 т
С → Т292,42
19,839 тэндоРНКаза
Т → С1058,76
20,268nt
А → G473,92
21,724nt
Спайковый гликопротеинG → A383,17
21,772nt
С → Т41 год3,42
22 020 т
Т → С736.09
23,403nt
А → G1,19599,67
25,563 т
ORF3a
G → T43 год3,59
26,750т
Мембранный гликопротеинС → Т534,42
27,415nt
ORF7a
G → T342,84
28,253nt
ORF8
С → Т322,67
28,881nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинG → A1,07989,99
28,882nt
G → A1,07989,99
28,883nt
G → C1,07589,66
28 905 н.
С → Т625,17
28,975 т
G → T242
29,518nt
ORF10
С → Т494,09
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Таблица 9. Франция.
(А)04 — 12.09.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG116/116преобладающий
неэффективный
1,059тnsp2
CC → TC16/116преобладающий
CC (треонин) → A TC (изолейцин)
2,416nt
CA → TA25/116
CN, ES, RU, US, ZA
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT115/116преобладающий
неэффективный
4,543т
CA → TA15/116
DE, ES
CA C (гистидин) → TA C (тирозин)
5,629nt
GT → TT15/116
DE, ES
неэффективный
8,371nt
GG → TG23/116
ES, RU
CA GG TA (глутамин валин) → CA TG TA (гистидин валин)
9,526ntnsp4
GT → TT15/116
DE, ES
AT GT CA (метионин-серин) → AT TT CA (изолейцин-серин)
11,497ntnsp6
CT → TT15/116
DE, ES
неэффективный
13,993 тенге
РНК-зависимая РНК-полимеразаGC → TC15/116
DE, ES
GC T (аланин) → TC T (серин)
14,408nt
CT → TT114/116преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
15 324 т
CA → TA22/116
BR, CN, IN
неэффективный
15,766 т
GT → TT15/116
DE, ES
GT G (валин) → TT G (лейцин)
16,889 т
Геликаза
AA → GA15/116
DE, ES
A AA (лизин) → A GA (аргинин)
17,019 т
GT → TT15/116
DE, ES
GA GT TT (глутаминовая кислота фенилаланин) → GA TT TT
(Аспарагиновая кислота фенилаланин)
20,268ntэндоРНКаза
AG → GG13/116
ES, RU, США,
неэффективный
ZA
22,992nt
Спайковый гликопротеинGC → AC15/116
DE, США
A GC (серин) → AC (аспарагин)
23,403nt
AT → GT116/116преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
25,563 т
ORF3a белок
GA → TA57/116преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
25,710nt
CT → TT16/116
DE, ES
неэффективный
26,735nt
Мембранный гликопротеинCA → TA15/116
DE, ES, IN,
неэффективныйнас
26 876 центов
TC → CC15/116
DE, ES
неэффективный
28,833nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинCA → TA12/116
ES
T CA (серин) → T TA (лейцин)
28,851nt
GT → TT10/116
В
A GT (серин) → A TT (изолейцин)
28,881nt
GGG → AAC17/116преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
28,975 т
GT → CT15/116
DE, ES, IN
AT GT CT (серин метионина) → AT CT CT (серин изолейцина)
29,399nt
GC → AC15/116
DE, ES
GC T (аланин) → AC T (треонин)
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
222nt5´UTR
С → Т1003,77
241nt
С → Т260098
313nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокС → Т552,07
445nt
Т → С1636,14
1,059тnsp2
С → Т38514,51
2,416nt
С → Т32012.06
3,037ntnsp3
С → Т2 60698,23
3,099nt
С → Т692,6
4,543т
С → Т66625,1
4,960т
G → T692,6
4,965nt
С → Т692,6
5,170т
С → Т532
5,629nt
G → T66625,1
6,070nt
С → Т702,64
6,286nt
С → Т1686,33
7,303nt
С → Т702,64
7,564nt
С → Т712,68
8,371nt
G → T2338,78
9,246ntnsp4
С → Т692,6
9,526nt
G → T66725,14
10 279 н.3C-подобная протеиназаС → Т702,64
10,301nt
С → А692,6
10,525 т
С → Т702,64
10,582nt
С → Т1134,26
10,688nt
G → T692,6
11,083ntnsp6
G → T993,73
11,132nt
G → T542,04
11,497nt
С → Т66625,1
11,851ntnsp7
G → T963,62
13,993 тенге
РНК-зависимая РНК-полимеразаG → T66425,03
14,230nt
С → А682,56
14,408nt
С → Т2 60698,23
15 324 т
С → Т46717,6
15,738 т
С → Т632.37
15,766 т
G → T66725,14
16,889 т
Геликаза
А → G66525.07
17,019 т
G → T66525.07
18,877nt3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т67525,44
20,268ntэндоРНКаза
А → G1114,18
21,255nt2'-O-рибоза метилтрансферазаG → C1676,29
21 800 н.т.
Спайковый гликопротеинG → T722,71
22,227nt
С → Т1726,48
22,992nt
G → A66625,1
23,403nt
А → G2 60798,27
25,563 т
ORF3a
G → T1,47455,56
25,688nt
С → Т562.11
25,710nt
С → Т67725,52
26,735nt
Мембранный гликопротеинС → Т67025,25
26 801 т
C → G1676,29
26 876 центов
Т → С66725,14
27,632nt
ORF7a
G → T682,56
27 804 н.
ORF7b
С → Т853.2
28,830nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → А853.2
28,833nt
С → Т622.34
28,881nt
G → A28010,55
28,882nt
G → A27710,44
28,883nt
G → C27610,4
28,932nt
С → Т1676,29
28,975 т
G → C66425,03
29,399nt
G → A66224,95
29,402nt
G → T732,75
29 645 тонн
ORF10
G → T1696,37
29,779 н.3´UTR
G → T672,53
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Таблица 10. Испания.
(А)01.06–20.09.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG133/135преобладающий
неэффективный
445nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокTT → CT88/135
CN, DE, FR
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT131/135преобладающий
неэффективный
5 572 н.
GT → TT11/135уникальный
AT GT AC (метионин тирозин) → AT TT AC (изолейцин тирозин)
5,784nt
CT → TT13/135уникальный
A CT (треонин) → A TT (изолейцин)
6,286nt
CT → TT89/135
DE, FR, ZA
неэффективный
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT132/135преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
20,268ntэндоРНКаза
AG → GG26/135
FR, RU, US, ZA
неэффективный
21,255nt2´-O-рибоза метилтрансферазаGT → CT84/135
DE, FR
неэффективный
22,227nt
Спайковый гликопротеинCT → TT89/135
DE, FR, ZA
неэффективный
22,297nt
TA → CA11/135
RU
неэффективный
25,049nt
GA → TA18/135
DE
GA T (аспарагиновая кислота) → TA T (тирозин)
25,062nt
GT → TT18/135уникальный
G GT (глицин) → G TT (валин)
26 801 т
Мембранный гликопротеинCA → GA89/135
DE, FR, ZA
неэффективный
27,944nt
ORF8 белок
CC → TC56/135
FR
неэффективный
27,982nt
CA → TA13/135уникальный
C CA (пролин) → C TA (лейцин)
28 657 тонн
Нуклеокапсидный фосфопротеинCG → TG19/135уникальный
неэффективный
28,881nt
GGG → AAC14/135преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
28,932nt
CT → TT89/135уникальный
G CT (аланин) → G TT (валин)
29 645 тонн
ORF10 белок
GT → TT89/135
DE, FR
неэффективный
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
241nt5´UTR
С → Т2 69078,47
313nt
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокС → Т1173,41
445nt
Т → С85825,03
1,059тnsp2
С → Т1223,56
1,987т
А → G752,19
3,037ntnsp3
С → Т2 71779,26
5,170т
С → Т1414.11
6,286nt
С → Т86125.12
6,294nt
Т → С822.39
8,782ntnsp4
С → Т60117,53
9,477nt
Т → А37911.06
11,083ntnsp6
G → T1664.84
11,132nt
G → T1374
13,006ntnsp9
Т → С772,25
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т2 70879
14 805 н.т.
С → Т40811,9
20,268ntэндоРНКаза
А → G1,22335,68
21,255nt2'-O-рибоза метилтрансферазаG → C78022,75
22,227nt
Спайковый гликопротеинС → Т84324,59
23,403nt
А → G2 73179,67
25,049nt
G → T712,07
25,563 т
ORF3a
G → T1474,29
25,688nt
С → Т782,28
25 979 н.т.
G → T37110,82
26,088nt
С → Т2156,27
26,144nt
G → T1002,92
26 801 т
Мембранный гликопротеинC → G85524,94
27,944nt
ORF8
С → Т45613,3
28,144nt
Т → С59917,47
28 657 тонн
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т44112,86
28,863nt
С → Т37811.03
28,881nt
G → A39811,61
28,882nt
G → A39611,55
28,883nt
G → C39511,52
28,932nt
С → Т85024,8
29 645 тонн
ORF10
G → T84024,5
29,734nt3´UTR
G → C3028,81
29 870 тн
С → А1073,12
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Таблица 11. Германия.
(А) 23 февраля 2020 г. *02–06 / 17/202024.06–28.08.202010 сентября — 13 октября 2020 г.
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьСчитатьСчитатьСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG4/62112/13817/1770/70
Преобладающий
неэффективный
445ntnsp1
TT → CT0/620/1381/1717/70
CN, FR
TT G (лейцин) → GT CT TG (валин лейцин)
1,059тnsp2
CC → TC21/6227/1380/172/70
Преобладающий
CC (треонин) → A TC (изолейцин)
1,440 тонн
GC → AC15/6218/1380/170/70нас
G GC (глицин) → G AC (аспарагиновая кислота)
1,513nt
CC → TC0/620/1380/1713/70
Уникальный
неэффективный
2,891nt
GC → AC15/6218/1380/170/70нас
GC A (аланин) → AC A (треонин)
3,037ntnsp3
CT → TT41/62114/13817/1770/70
Преобладающий
неэффективный
3 602 н.
CA → TA0/620/13817 мая6/70
Уникальный
CA C (гистидин) → TA C (тирозин)
4,543т
CA → TA0/620/13817 мая2/70
ES, FR, США
неэффективный
6,286nt
CT → TT0/620/1381/1717/70
ES, FR, ZA
неэффективный
6,941т
CT → TT0/620/13817 мая6/70
Уникальный
неэффективный
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимераза
CT → TT39/62114/13817/1770/70
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
15 324 т
CA → TA1/621/13817 мая6/70
BR, CN, FR,
неэффективный
В
16,075nt
GA → TA0/620/1380/1711/70
FR
G AT (аспарагиновая кислота) → TA T (тирозин)
19,839 тэндоРНКаза
TA → CA0/620/1382/1711/70
CN, ES, FR,
неэффективный
В НАС
21,255nt2´-O-рибоза метилтрансферазаGT → CT0/620/1381/1717/70
ES, FR
неэффективный
21,855nt
Спайковый гликопротеинCT → TT0/620/13817 мая6/70
ZA
T CT (серин) → T TT (фенилаланин)
22,227nt
CT → TT0/620/1381/1718/70
ES, FR, ZA
неэффективный
22,346nt
GC → TC0/620/1380/1713/70
Уникальный
GC T (аланин) → TC T (серин)
22,377nt
CT → TT0/620/1380/1713/70
Уникальный
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
23,403nt
AT → GT1/62112/13817/1770/70
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
25 505 т
ORF3a белок
AA → GA0/620/13817 мая6/70
Уникальный
C AA (глутамин) → C GA (аргинин)
25,563 т
GA → TA21/6227/1382/175/70
Преобладающий
CA GA GC (глутамин-серин) → CA TA GC (гистидин-серин)
25 906 нт.
GG → CG0/620/13817 мая6/70
Уникальный
GG T (глицин) → CG T (аргинин)
26 801 т
Мембранный гликопротеинCA → GA1/620/1381/1717/70
ES, FR, ZA
неэффективный
27,046nt
CG → TG1/6216/1383/170/70
BR, RU
CG (треонин) → A, TG (метионин)
28 651 тенге
Нуклеокапсидный фосфопротеинCA → TA0/620/13817 мая6/70
FR, RU
неэффективный
28 706 н.
CA → TA0/620/1380/1711/70
Уникальный
CA C (гистидин) → TA C (тирозин)
28,869nt
CA → TA0/620/13817 мая6/70
Уникальный
C CA (пролин) → C TA (лейцин)
28,881nt
GGG → AAC9/6235/13817 сентября38/70
Преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
28,932nt
CT → TT0/620/1381/1717/70
FR
G CT (аланин) → G TT (валин)
29 645 тонн
ORF10 белок
GT → TT0/620/1381/1717/70
ES, FR
неэффективный
29,751nt3´UTR
GA → CA0/620/1380/1711/70
Уникальный
неэффективный
(В)19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
187 нт5´UTR
А → G452,18
204 нт
G → T482.32
241 нт
С → Т1,79086,64
313 нт
Полипротеин ORF1ab → лидерный белокС → Т532,57
445 нт
Т → С1597,7
1,059 нтnsp2
С → Т39919,31
1,440 нт
G → A763,68
2,891 н.nsp3
G → A763,68
3037 нт
С → Т1,79686,93
3,373 н.
С → А532,57
3,602 нт
С → Т773,73
4,543 нт
С → Т422,03
6,286 н.
С → Т1557,5
6,406 нт
С → Т57 год2,76
6,941 н.
С → Т793,82
8,782 нтnsp4
С → Т1286.2
11,083 нтnsp6
G → T914.4
14,408 нт
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т1,78286,25
14,805 н.
С → Т492.37
15324 нт
С → Т1386,68
18 877 нт3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т552,66
18,972 н.
G → A582,81
19,839 нтэндоРНКаза
Т → С522,52
20,268 нт
А → G783,78
21,255 н.2'-O-рибоза метилтрансферазаG → C1627,84
21 614 нт
Спайковый гликопротеинС → Т452,18
21,855 нт
С → Т763,68
22,227 н.
С → Т1668,03
22,468 н.
G → T1165,61
23,403 н.
А → G1,80087,12
25,505 нт
ORF3a
А → G743,58
25,550 нт
Т → А532,57
25,563 н.
G → T49223,81
25 906 н.
G → C743,58
25,922 н.
G → T502,42
25,996 нт
G → T753,63
26,144 нт
G → T44 год2,13
26,530 нт
Мембранный гликопротеинА → G552,66
26,735 нт
С → Т43 год2,08
26,801 н.
C → G1457.02
27 046 нт
С → Т683,29
27,944 нт
ORF8
С → Т894,31
28,144 нт
Т → С1316,34
28 651 нт
Нуклеокапсидный фосфопротеинС → Т743,58
28,854 нт
С → Т592,86
28,869 нт
С → Т753,63
28 878 нт
G → A1246
28,881 н.
G → A58928,51
28,882 нт
G → A58528,32
28,883 нт
G → C58528,32
28 932 нт
С → Т1627,84
29 645 нт
ORF10
G → T1617,79
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Таблица 12. Китай.
(А) 23.12.2019–18.03.2020 *20.03–22.07.2020
ДолжностьМесто расположенияМутацияСчитатьСчитатьЗаболеваемость
241nt5´UTR
CG → TG0/9823/33
Преобладающий
неэффективный
3,037ntnsp3
CT → TT2/9923/33
Преобладающий
неэффективный
8,782ntnsp4
CC → TC29/990/33
DE, ES, IN, US
неэффективный
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаCT → TT2/9919/33
Преобладающий
C CT (пролин) → C TT (лейцин)
23,403nt
Спайковый гликопротеинAT → GT2/9922/33
Преобладающий
G AT (аспарагиновая кислота) → G GT (глицин)
28,144nt
ORF8 белок
TA → CA29/990/33
DE, ES, IN, US
T TA (лейцин) → T CA (серин)
28,881nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинGGG → AAC2/9911/33
Преобладающий
A GGG GA (аргинин-глицин) → A AAC GA (лизин-аргинин)
(В) 19.01.2020–20.01.2021
ДолжностьМесто расположенияМутацияОбщее количествоПроцент
4nt5´UTR
А → G152,49
241nt
С → Т6811,28
1,397ntnsp2
G → A182,99
2,392nt
Т → С132,16
3,037ntnsp3
С → Т6510,78
6,354nt
С → Т142.32
7,075nt
Т → С142.32
8,022nt
Т → G152,49
8,782ntnsp4
С → Т19131,67
10,747nt3C-подобная протеиназаС → Т142.32
11,083ntnsp6
G → T406,63
11,794nt
А → G142.32
14,408nt
РНК-зависимая РНК-полимеразаС → Т559,12
15 324 т
С → Т132,16
15 342 н.т.
С → Т142.32
15360 тонн
С → Т142.32
15,666 т
G → A142.32
16,733nt
Геликаза
С → Т142.32
17,373nt
С → Т264,31
18 060 тонн3'-к-5 'экзонуклеазаС → Т162,65
21 707 нт.спайк гликопротеинС → Т243,98
21,727nt
С → Т142.32
22 020 т
Т → С162,65
23,403nt
А → G6711.11
25,416nt
ORF3a
С → Т142.32
26,144nt
G → T396,47
27,213nt
ORF6
С → Т152,49
28,144nt
ORF8
Т → С21235,16
28,688nt
Нуклеокапсидный фосфопротеинТ → С132,16
28,854nt
С → Т142.32
28,881nt
G → A335,47
28,882nt
G → A31 год5,14
28,883nt
G → C31 год5,14
29,095nt
С → Т31 год5,14
29,742 н.3´UTR
G → T193,15
29,835nt
С → Т142.32
Общий вид этих таблиц соответствует схеме, подробно описанной в легенде к Таблице 5 (США). Количество последовательностей, исследованных на предмет мутаций SARS-CoV-2, подробно указано в таблицах для отдельных стран.
Анализ мутаций в десяти разных странахСледующие параграфы документируют мутационный репертуар SARS-CoV-2 в разных регионах мира. Результаты несколько предвзяты, поскольку страны значительно различались по количеству последовательностей, которые стали доступны для проверки в базе данных GISAID (www.gisaid.org) (Shu & McCauley, 2017). Мы подчеркнули динамику появления новых мутаций в изолятах SARS-CoV-2, которые имели историю активной репликации в некоторых из наиболее сильно затронутых популяций на земном шаре, таких как Великобритания, Южная Африка, США, Индия, Бразилия, Россия, Франция, Испания, Германия и Китай. Последнее обновление [30 января 2021 г.] случаев COVID-19 и летальных исходов в десяти странах, изоляты которых были проанализированы на наличие мутаций, представлено в таблице 13..
Таблица 13. Обзор.
СтранаОбщее количество мутацийНовые уникальные мутацииНовые общие мутацииСумма новых мутацийПреобладающие мутацииПереходы от C к T [в% мутантов]Репликация РНКСпайковый гликопротеинНуклеокапсидный фосфопротеинCOVID-19 случаиCOVID-19 смерти
Великобритания43 год201838 (88,4%)553,68643 617 45997 329 (2,69%)
Южная Африка28 год91221 (75%)748,14731 404 83940 574 (2,89%)
Соединенные Штаты39171330 (76,9%)761,5133725 546 140427 294 (1,67%)
Индия239918 (78,3%)565,264210 655 435153 376 (1,44%)
Бразилия9224 (44,4%)544,41228 816 254216445 (2,46%)
Россия10314 (40%)6502113 698 27368 971 (1,86%)
Франция27
0
2020 (74,1%)740,77253 035 18172 877 (2,40%)
Испания2061016 (80%)4503432 603 47255 441 (2,13%)
Германия33111526 (78,8%)751,55552 137 68952 536 (2,46%)
Китайская Народная Республика7
0
22 (28,6%)557,111188 9114635 (5,21%)
Рост числа новых мутаций SARS-CoV-2 во многих странах сопровождался высокими значениями заболеваемости COVID-19 во всем мире. Мутанты и их частоты, собранные и рассчитанные в этой таблице, были основаны на данных, представленных в таблицах 3 и 4А до 12А. Мировая заболеваемость COVID-19 по состоянию на 30 января 2021 года в 219 странах составила случаи COVID-19 — 102,87 миллиона, со смертельным исходом — 2,22 миллиона (столбцы 10 и 11). В столбце 5 указано общее количество новых мутаций для каждой страны, процентные значения соотносят эту сумму с общим количеством мутаций. Источник распространения COVID-19 по всему миру — https://www.worldometer.info/coronavirus/.
Данные по Великобритании в этой таблице не содержат результатов анализа SARS-CoV-2 варианта B.1.1.7, которые показаны в таблице 1, по состоянию на 01 апреля 2021 года.
Великобритания
Что касается мутаций, возникающих в Великобритании, мы не отслеживали динамику возникающих мутаций в более ранние периоды пандемии. В общей сложности более 71000 вирусных изолятов геномов SARS-CoV-2 со всего мира, депонированных в период с 19.01.2020 по 20.01.2021, четыре распространенных мутации, обнаруженных во всем мире, на позициях 241, 3037, 14 408 и 23 403 достигли почти 100% -ного представительства (Таблица 3). Всего было отмечено 70 положений последовательности> 2% отклонений по сравнению с эталоном в Ухане,> 50% были переходами из C в U (T) (см. Также таблицы 3–12B). Двенадцать новых мутаций достигли значений распространенности от 15% до 49%, семь из них — около 49%. Некоторые из этих мутаций были обнаружены и в других странах (Таблицы 4–12).). Высокая распространенность новых мутаций коррелировала с активной репликацией в странах с высокой заболеваемостью COVID-19.8 декабря 2020 года Рамбаут и др. Описали новый вариант SARS-CoV-2, который циркулировал в Англии, начиная с октября, и его распространенность увеличивалась, что указывает на возможное увеличение трансмиссивности (https://virological.org/t/preterior- геномная характеристика-возникновение-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-New-set-of-spike-mutations / 563 ; https://khub.net/ документы / 135939561/338928724 / SARS-CoV-2 + вариант + в стадии + расследования% 2C + встреча + протокол. pdf / 962e866b-161f-2fd5-1030-32b6ab467896 ; https://www.cogconsortium.uk/wp-content/ uploads / 2021/01 / Report-2_COG-UK_SARS-CoV-2-Mutations.pdf ; Volz et al, 2021). Анализ его генома выявил 14 несинонимичных мутаций и 3 делеции, состоящие из нескольких нуклеотидов. В гликопротеине шипа были локализованы шесть из этих мутаций и две делеции, одна из которых N501Y из-за замены A23063T. Именно этот вариант сейчас считается вариантом беспокойства VOC202012 / 01 (https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2021/01/Report-2_COG-UK_SARS-CoV-2-Mutations.pdf). В текущих отчетах описана повышенная инфекционность этого варианта, тогда как его патогенность в настоящее время оценивается (Volz et al, 2021).
Недавние сообщения предполагают, что вакцина BioNTech / Pfizer BNT162b2 эффективна против британского варианта, а также только против мутанта N501Y (Collier et al, 2021 ; Xie et al, 2021). Wu et al показывают предварительную эффективность вакцины Moderna (мРНК-1273) (препринт: Wu et al, 2021) против варианта. Сообщения в прессе от Novavax (https://ir.novavax.com/news-releases/news-release-details/novavax-covid-19-vaccine-demonstrates-893-efficacy-uk-phase-3) также наводят на мысль о эффективность NVX-CoV2373 по сравнению с вариантом для Великобритании. Таблица 2 перечисляет мутации, обнаруженные в базе данных GISAID до 31 марта 2021 г., и сообщает о 187 267, 434, 31, 16 и 275 случаях вариантов B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525 соответственно.
Южная Африка
Мы проанализировали 95 последовательностей SARS-CoV-2 из вирусных изолятов в Южной Африке, которые были депонированы в банке данных GISAID (Таблица 4A); Всего в этих последовательностях было обнаружено 28 мутаций. Четыре из семи распространенных мутаций, известных из изолятов во всем мире, достигли 100% -ного представительства в последовательностях SARS-CoV-2, за исключением тех, которые находятся в положениях 1059 (~ 10%), 25 563 (~ 10%) и 28 881 (~ 63%). Было обнаружено семь новых мутаций, уникальных для южноафриканских изолятов, четыре из которых вызвали несинонимичные замены аминокислот. Двенадцать новых мутаций были распространены в других странах, восемь из этих мутаций привели к заменам аминокислот, многие из них — к несинонимичным заменам. Двадцать пять процентов мутаций затронули спайковый гликопротеин, и это открытие должно предупредить нас о способности вируса реагировать на потенциальные вакцины, направленные против вирусных спайков. Каждая мутация была связана с вирусной эндоРНКазой и РНК-зависимой РНК-полимеразой.
В течение всего 2020 года (с 19 января 2020 года по 20 января 2021 года) четыре преобладающие мутации в положениях 241, 3037, 14,408 и 23,403 снова (Таблица 4B) представляли почти 100%, мутация на уровне 28,881 / 2. / 3 в гене фосфопротеина нуклеокапсида примерно на 70% (Таблица 4B). Было обнаружено 8 новых мутаций с распространенностью> 10%. В общей сложности 63 положения в вирусном геноме отклонения от эталонной последовательности в Ухане были отмечены выше порогового значения в 2%.
Недавно в Южной Африке был обнаружен вариант N501Y, который также имел две дополнительные точечные мутации, K417 и E484K. Данные о его возможной повышенной инфекционности и трансмиссивности были предварительными (препринт: Cheng et al, 2021). Также в декабре 2020 года другой вариант, названный 501Y.V2, B.1.351, также известный южноафриканский вариант, характеризуется восемью мутациями, определяющими родословную, с тремя в рецептор-связывающих доменах: K417N, E484K и N501Y. Этот вариант также быстро распространился в Южной Африке, что привело к запрету на поездки из Южной Африки. Было высказано предположение, что этот вариант способен избежать нейтрализации донорской плазмой (Wibmer et al, 2021). Также была предложена повышенная трансмиссивность (препринт: Cheng et al, 2021 г.). Кроме того, есть первые свидетельства того, что эффективность нескольких существующих вакцин против варианта B.1.351 может быть снижена ( https://www.janssen.com/johnson-johnson-announces-single-shot-janssen-covid-19-vaccine -candidate-met-primary-endpoints ; https://ir.novavax.com/news-releases/news-release-details/novavax-covid-19-vaccine-demonstrates-893-efficacy-uk-phase-3 ; препринт: Wang et al, 2021). Будет важно продолжить анализ последовательности вирусных штаммов и сопоставить эволюцию мутантов и вариантов с передачей вируса и эффективностью вакцины. По состоянию на март 2021 года в ЮАР было зарегистрировано 1670 случаев варианта B.1.351 (таблица 2).
Соединенные ШтатыВ таблице 5A перечислены мутации из случайного подмножества последовательностей, выбранных в США в 4 различных момента времени. Некоторые из распространенных в течение длительного времени мутаций, представленных в таблице под US-I и US-II, уже были включены в предыдущий анализ, как указано звездочкой (Weber et al, 2020). Они были перечислены здесь снова, чтобы облегчить сравнение с более широким спектром новых мутаций, которые возникли в Соединенных Штатах (US-III, US-IV) и в разных странах в течение нескольких недель. В дополнение к распространенным во всем мире мутациям с номерами нуклеотидов (нуклеотидов) 241, 1059, 3037, 8,782, 14,408, 23,403, 25,563, 28,144 и 28,881, в нашем исследовании было 13 уникальных, т. Е. Ранее не описанных мутаций. анализы из которых девять были обнаружены исключительно в выборке US-III с частотами от 4 до 29,3% (Таблица 5A, уникальный). За исключением трех из этих мутаций, многие из них достигли максимальной частоты встречаемости в момент времени US-III. Две из новых уникальных мутаций в положениях последовательностей 17 858 и 18 060 исчезли в образцах US-III. Семнадцать новых мутаций были характерны для других регионов мира, семь появились в большинстве или во всех десяти странах, где проводились исследования. Мы перечислили 13 мутаций, которые исчезли в июльских образцах US-III, возможно, они оказались недостаточно проникающими или не были выбраны из-за систематической ошибки отбора. Как видно из таблицы, пять из 15 новых мутаций среди последовательностей US-II, депонированных между 12 июня и 07 июля, произошли с низкими частотами (<10%) исключительно в этом наборе последовательностей, другие, также с низкими частотами, также были присутствует в изолятах из других стран, как указано. Был ряд новых общих мутаций, которые также были представлены в других странах — BR Бразилия, CN Китай, FR Франция, DE Германия, IN Индия, RU Россия, ES Испания и ZA Южная Африка. Недавно отобранные мутации SARS-CoV-2 в рамках US-III произошли в период с 9 по 22 июля 2020 г. Сравнение июньских и июльских последовательностей US-III и их мутаций с их аналогами, полученными месяцем ранее (США -II) выявил сложную жизнеспособность новых мутантов, возникающих в популяции SARS-CoV-2, которая реплицировалась во время наиболее критической фазы пандемии в США летом 2020 года. В течение четырехмесячного периода с 08/01 по 12 / 01 (US-IV), еще 117 последовательностей SARS-CoV-2 были добавлены в таблицу. RU Россия, ES Испания и ZA Южная Африка. Недавно отобранные мутации SARS-CoV-2 в рамках US-III произошли в период с 9 по 22 июля 2020 г. Сравнение июньских и июльских последовательностей US-III и их мутаций с их аналогами, полученными месяцем ранее (США -II) выявил сложную жизнеспособность новых мутантов, возникающих в популяции SARS-CoV-2, которая реплицировалась во время наиболее критической фазы пандемии в США летом 2020 года. В течение четырехмесячного периода с 08/01 по 12 / 01 (US-IV), еще 117 последовательностей SARS-CoV-2 были добавлены в таблицу. RU Россия, ES Испания и ZA Южная Африка. Недавно отобранные мутации SARS-CoV-2 в рамках US-III произошли в период с 9 по 22 июля 2020 г. Сравнение июньских и июльских последовательностей US-III и их мутаций с их аналогами, полученными месяцем ранее (США -II) выявили сложную жизнеспособность новых мутантов, возникающих в популяции SARS-CoV-2, которая реплицировалась во время наиболее критической фазы пандемии в США летом 2020 года. В течение четырехмесячного периода с 08/01 по 12 / 01 (US-IV), еще 117 последовательностей SARS-CoV-2 были добавлены в таблицу. 5А. Некоторые из преобладающих мутаций достигли 100% -ного представительства. Восемь новых мутаций, некоторые уникальные, другие общие, были перечислены в положениях нуклеотидов 8 083, 10 139, 18 424, 21 304, 25 907, 28 472, 28 869 и 28 887; большинство из них достигли> 20% представительства. Во многих положениях нуклеотидов в вирусном геноме частота долгосрочных преобладающих мутаций увеличивалась в течение всего периода времени с последних дней февраля до конца июля. Таким образом, это исследование позволило нам засвидетельствовать распространение мутаций среди населения США и в то же время постоянное появление новых мутаций и увеличение их частоты со временем.
Влияние на возможности кодированияСуществует идея, что многие мутации существуют на низком уровне, но обнаруживаются, когда они отбираются и размножаются. Из 39 мутировавших сайтов РНК SARS-CoV-2 13 мутаций, то есть 42%, не повлияли на кодируемый белок. Напротив, 18, т. Е. 58%, показали изменения в кодирующей способности генома [отмечены жирным шрифтом в Таблице 5A.], который затронул большинство кодируемых вирусом белков. Большинство замен аминокислот не были синонимичными и, вероятно, были ответственны за функционально важные изменения, если судить по типу аминокислотных замен, например, pro на ser (положение нуклеотида 4226) в nsp3; лей в phe (7,837), также в nsp3; tyr в cys (17,858) в вирусной геликазе; asp до gly (23,403) в гликопротеине шипа; arg-gly до lys-arg (28,881) в фосфопротеине нуклеокапсида и др. Среди дополнительных восьми мутаций в период US-IV четыре привели к заменам несинонимичных аминокислот в функционально важных белках, таких как 2'-O-рибоза-метилтрансфераза, 5'-3 'экзонуклеаза и фосфопротеин нуклеокапсида.
Обмен asp на gly из-за мутации в позиции 23,403, которая повлияла на гликопротеин вирусного шипа, был описан ранее (Korber et al, 2020). Мутант растет до более высоких титров в клеточных культурах и достигает более высоких вирусных нагрузок в верхних дыхательных путях, но не приводит к увеличению тяжести заболевания (Korber et al, 2020). Сообщалось, что мутация увеличивает восприимчивость к нейтрализации. На этом этапе необходимо оценить функциональные последствия большинства выявленных мутаций для репликации вируса и / или патогенности. Вариант SARS-Co-V-2, обнаруженный в Великобритании в декабре 2020 года, будет обсуждаться в части (iii) раздела «Обсуждение».
Анализ частот мутаций в течение коротких периодов времени по сравнению с наблюдаемыми за весь 2020 год.
Кроме того, в общей сложности 52 934 последовательности SARS-CoV-2 из США в GISAID были проанализированы на наличие мутаций по сравнению с исходной последовательностью из Ухани (Таблица 5B) в течение всего 2020 года. Всего было показано 42 положения последовательностей. > 2% отклонения от эталонной последовательности; 21 (50%) — переходы C в U (T). Данные из таблицы 5Aуказывают частоту от C до U 61,5%. Точно так же высокие предпочтения C к U при обмене последовательностями наблюдались в изолятах из некоторых из других девяти стран, которые были проанализированы. В разделе «Обсуждение» этой статьи обсуждается функция предполагаемого редактирования (APOBEC) для учета преобладания переходов C в U во всех этих вирусных геномах. SARS-CoV-2 представляет собой вирус с высокой степенью адаптируемости, который оптимально использует свою способность и способность клетки-хозяина генерировать мутации и обеспечивает их эффективную селекцию в широком диапазоне условий в человеческих популяциях.
По состоянию на 31 марта 2021 г. количество случаев вариантов B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525 достигло 15 117, 290, 252, 23 328 и 182 соответственно (таблица 2). Во всем мире количество мутаций и вариантов SARS-CoV-2 меняется ежедневно, как и ожидалось в разгар этой пандемии.
Индия
В периоды анализа последовательностей с 27 января 2020 г. по 27 мая 2020 г. (IN-I) и с 3 июня 2020 г. по 4 июля 2020 г. (IN-II) преобладающие мутации горячих точек в положениях последовательности 241, 3037, 14 408, 23 403 и 25 563 достигли значений представления, приближающихся к 100%, за исключением позиции 25 563, которая составляла 52% последовательностей (Таблица 6A). В эти периоды времени появились новые мутации. Наблюдался набор из девяти новых мутаций, уникальных для индийской популяции, то есть 39,1% из 23 мутаций во всех подвыборках из Индии.
Эти уникальные мутации были расположены в положениях генома, которые полностью отличались от недавно возникших мутаций SARS-CoV-2 в Соединенных Штатах или в любой другой популяции, исследованной в нашем исследовании (Таблица 6A). В общей сложности семь из этих новых мутаций возникли или увеличились по частоте в конце периода времени IN-II, тогда как две мутации больше не могли быть обнаружены в тот же период. Еще девять вновь возникших мутаций были распространены среди мутаций в указанных странах, некоторые из которых достигли частоты до 50%. Среди всех мутаций из индийских образцов переходы C → U (T) составляли большинство — 15/23, т. Е. 65,2% (Таблица 13). Мы отмечаем, что 18 из 23 (78,3%) мутаций в изолятах SARS-CoV-2 из наших подвыборок из Индии были новыми. Около 7/9 уникальных для Индии мутаций возникли de novo или увеличились по частоте в течение нескольких недель очень активной репликации вируса среди населения Индии. Новые мутации не только постоянно возникают на нынешнем этапе почти неконтролируемой пандемии COVID-19, но также могут быть отобраны среди населения Индии.
В таблице 6B перечислены 46 отдельных мутаций для> 3270 полных последовательностей с известными датами выборки, депонированных в GISAID к 20 января 2021 года. Преобладающие мутации в положениях 241, 3 037, 14 408 и 23 403 (таблицы 3–12) были представлены примерно на 86%, на позиции 28 881 при 44%. Всего в 46 позициях были обнаружены мутации с уровнями частоты> 2%, в 10 из них> 10%. Частота переходов от C к U среди всех мутаций в образцах из Индии составляла 50% (рассчитано по данным в таблице 6B).
По состоянию на 31 марта 2021 г. частота вариантов, вызывающих озабоченность, B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525, как сообщается, составляла 151, 15, 0, 0 и 17., соответственно.
Влияние на способность кодированияИзменение кодирующей способности долгосрочных преобладающих мутаций в положениях 241, 3,037, 14,408 и 23,403 было описано для образцов из США. Среди девяти уникальных для Индии мутаций следующие четыре привели к функционально значимым аминокислотным заменам: положение 2,292 (nsp2) gln – pro; 18 568 (3'– 5'-экзонуклеаза) leu-phe; 19 154 (3'– 5'-экзонуклеаза) thr – ile; и 28 311 сер-лей (фосфопротеин нуклеокапсида). Из девяти дополнительных мутаций, общих для одной или нескольких стран, только следующие четыре привели к заменам аминокислот: 6,312 (nsp3) thr-lys; 11 083 (nsp6) лей / тир-фен; 21 724 (спайковый белок) лей-фе-фен-фен; 28 854 (нуклеокапсидный фосфопротеин) ser-leu (Таблица 6A). Опять же, многие из новых мутаций SARS-CoV-2 были ответственны за функционально важные несинонимичные аминокислотные замены в соответствующем белке.
Бразилия
Из девяти мутаций SARS-CoV-2, идентифицированных в подмножестве примерно 100 опубликованных последовательностей, доступных из Бразилии за один период времени между 25 февраля и 15 августа 2020 года (таблица 7A), пять принадлежали к наиболее распространенным во всем мире горячим точкам по номерам нуклеотидов. 241, 3 037, 14 408, 23 403 и 28 881. Две мутации в положениях 12053 и 25088 были уникальными для последовательностей из Бразилии и были отмечены между 15,7 и 34,4% проанализированных последовательностей, соответственно. Две новые общие мутации были также идентифицированы в последовательностях из Франции и России (27 299 и 29 148) с частотой около 40%. Мутация в положении нуклеотида 28881 была обнаружена в 71,6% исследованных вирусных последовательностей. Эта мутация произошла в вирусных последовательностях всех исследованных стран, кроме Китая.
Следует отметить, что среди девяти различных новых мутаций, наблюдаемых в изолятах SARS-CoV-2 из Бразилии, две не наблюдались в изолятах из любой из восьми других исследованных стран. Возможно, они недавно появились в бразильской популяции, в которой вирус реплицировался очень активно, а мутации были отобраны в условиях пандемического вирусного изобилия. Частые мутации C → T составили 44,4% частоты в этом отборе. Граница для временного анализа была выбрана до того, как были идентифицированы вариантные штаммы P.1 и P.2. В таблице 7B представлены количество и характер отдельных мутаций для всех полных последовательностей с известными датами выборки, депонированных в GISAID до 20 января 2021 г.
Влияние на способность кодированияДве уникальные для Бразилии мутации в положениях 12053 (вирусная репликаза) и 25088 (вирусный спайк-белок) привели к синонимичным заменам leu на phe и val на phe, соответственно. Две новые общие мутации в положениях 27 299 (белок ORF6) и 29 148 (нуклеокапсидный фосфопротеин) вызвали замены lile на th несинонимичного характера.
В таблице 7B показаны 27 отдельных мутаций для> 1100 полных последовательностей с известными датами выборки, депонированных в GISAID к 20 января 2021 года. Преобладающие мутации в положениях 241, 3 037, 14 408, 23 403 показали частоту 99%. Мутация в фосфопротеине нуклеокапсида в положении 28,881 / ⅔ представлена 93%, это самая высокая частота этой мутации среди всех 10 исследованных стран. Как показано в Таблице 7A, за время исследования мутация нуклеокапсида достигла значения 71,6%. По состоянию на 31 марта был зарегистрирован 71 случай варианта B.1.1.7 из Великобритании и 641 случай варианта P.1 (таблица 2).
Россия
Среди подвыборки RU-I из 226 последовательностей РНК SARS-CoV-2, проанализированных в период с 24.03 по 07.06.2020 в изолятах из России, было десять мутаций, шесть из которых принадлежали к ранее описанным долгосрочным преобладающим мутациям позиции 241, 3 037, 14 408, 23 403, 25 563 и 28 881 (Таблица 8A). Последняя мутация в положении 28,881 с частотой представительства 76,1% выделялась тем, что это не была точечная мутация, а включала трехнуклеотидный обмен, создавая высокоосновной домен в 3'-концевой области нуклеокапсида SARS-CoV-2. фосфопротеин, как сообщалось ранее (Weber et al, 2020). Четыре новые мутации были расположены в положениях последовательности 3140 (CC → TC, с обменом pro на asn-leu в аминокислотной последовательности nsp3, 20 268 (AG → GG, без изменения аминокислотного состава в эндо РНКазе), 26 750 (CA → TA, без воздействия на гликопротеин мембраны), и 27 415 (GC → TC, а также изменение белка ORF6 от ala до ser).
В таблице 8B представлены аналогичные результаты анализа примерно 1200 последовательностей, собранных в течение одного года с 19.01.2020 по 20.01.2021. Опять же, преобладающие мутации достигли частоты, близкой к 100%, фосфопротеин нуклеокапсида — около 90%. Новых мутаций не обнаружено. Переходы от C к U составили 38% (Таблица 8B).
По состоянию на 31 марта 2021 г. обнаружено небольшое количество вариантов B.1.1.7 и B.1.351 из России.
Франция
Частоты мутаций были определены в период с 04 по 09/12 2020 года в 116 последовательностях SARS-CoV-2, и в общей сложности было задокументировано 27 мутаций. Среди них семь из ранее описанных долгосрочных преобладающих мутаций были идентифицированы со следующими частотами: положение нуклеотида 241 (100%), 1059 (13,8%), 3037 (99,1%), 14 408 (98,3%), 23 403 (100%).), 25 563 (49,1%), 28 881 (14,7%). Было обнаружено 20 новых мутаций с частотами от 10 до 20%, которые не были описаны ранее (Weber et al, 2020). Переходы CU достигли 40,7% (Таблицы 9A и 13). Интересно, что ни одна из новых мутаций не была уникальной для Франции в 116 последовательностях, представленных в Таблице 9A.. Вместо этого большой процент мутаций был разделен с Германией и Испанией, обеими соседними странами. Большинство новых мутаций происходили с частотой от 10 до 20% (Таблица 9A). Среди новых мутаций 20 произошли с частотой> 10, многие из них> 20% частот.
В таблице 9B приведена частота мутаций в последовательностях, депонированных до 20 января 2021 г. По состоянию на 31 марта 2021 г. частота вызывающих озабоченность вариантов B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525 составляли 6290, 537, 38, 4 и 30 соответственно (таблица 2). Поскольку полный анализ последовательностей изолятов COVID-19 быстро прогрессирует, можно ожидать новых данных о появлении новых вариантов.
Влияние на способность кодированияСреди этих 20 не описанных ранее новых мутаций восемь не повлияли на кодирующую способность соответствующих вирусных белков. Большинство из 12 кодирующих мутаций привели к заменам аминокислот, которые не были синонимичными: nsp2, 3, 4, РНК-зависимая РНК-полимераза, геликаза, эндоРНКаза, гликопротеин шипа и фосфопротеин нуклеокапсида (Таблица 9A и B).
Испания
В период с 01.06 по 20.09.2020 мы проанализировали 135 последовательностей и обнаружили 20 мутаций в испанских изолятах (Таблица 10A). Из них четыре, наиболее распространенные в долгосрочной перспективе, были описаны ранее в позициях 241, 3 037, 14 408 и 28 881. За исключением последнего с частотой 10,4%, три первых были близки к 100% встречаемости. Из 16 новых мутаций шесть произошли исключительно в испанских изолятах (названных уникальными), а именно в положениях 5572 (GT → TT, частота 8,1%, изменение аминокислотной последовательности, встречающейся в nsp3), 5784 (CT → TT, частота 9,6%). %, th to ile в nsp3), 25062 (GT → TT, частота 13,3%, изменение аминокислоты gly на val в спайковом гликопротеине), 27 982 (CA → TA, частота 9,6%, изменение последовательности с pro на leu в ORF8), 28 657 (CG → TG, с частотой 14,1%, без влияния на фосфопротеин нуклеокапсида) и 28 932 (CT → TT с частотой 65. 9% и изменяя аминокислотный состав в этом положении в фосфопротеине нуклеокапсида с ala на val). Остальные 10 новых общих мутантов также были обнаружены в изолятах из других стран и располагались в положениях, указанных в предыдущих таблицах. За исключением точечной мутации в положении 25049 в гликопротеине шипа и последующего обмена аминокислот с asp на tyr, ни одна из других девяти мутаций в общей категории не привела к замене аминокислот. Мы также отмечаем, что в испанской коллекции мутаций SARS-CoV-2 было четыре в гликопротеине шипа, которые все отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (таблица Остальные 10 новых общих мутантов также были обнаружены в изолятах из других стран и располагались в положениях, указанных в предыдущих таблицах. За исключением точечной мутации в положении 25049 в гликопротеине шипа и последующего обмена аминокислот с asp на tyr, ни одна из других девяти мутаций в общей категории не привела к замене аминокислот. Мы также отмечаем, что в испанской коллекции мутаций SARS-CoV-2 было четыре в гликопротеине шипа, которые все отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (Таблица Остальные 10 новых общих мутантов также были обнаружены в изолятах из других стран и располагались в положениях, указанных в предыдущих таблицах. За исключением точечной мутации в положении 25049 в гликопротеине шипа и последующего обмена аминокислот с asp на tyr, ни одна из других девяти мутаций в общей категории не привела к замене аминокислот. Мы также отмечаем, что в испанской коллекции мутаций SARS-CoV-2 было четыре в гликопротеине шипа, которые все отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (Таблица За исключением точечной мутации в положении 25049 гликопротеина шипа и последующего обмена аминокислот с asp на tyr, ни одна из других девяти мутаций в общей категории не привела к замене аминокислот. Мы также отмечаем, что в испанской коллекции мутаций SARS-CoV-2 было четыре в гликопротеине шипа, которые все отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (Таблица За исключением точечной мутации в положении 25049 гликопротеина шипа и последующего обмена аминокислот с asp на tyr, ни одна из других девяти мутаций в общей категории не привела к замене аминокислот. Мы также отмечаем, что в испанской коллекции мутаций SARS-CoV-2 было четыре в гликопротеине шипа, которые все отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (таблица в спайковом гликопротеине было четыре, и все они отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (таблица в спайковом гликопротеине было четыре, и все они отличались от хорошо известной позиции 23,403. Две из этих новых спайковых мутаций привели к несинонимичным аминокислотным заменам в спайковом гликопротеине: в положении 25049 asp на tyr и в 25062 gly на val (Таблица 10А).
Несинонимичные мутации могут стать актуальными при оценке эффективности вакцины против SARS-CoV-2, направленной исключительно на спайк-направленность. В качестве предостережения не следует исключать функциональные последствия номинально молчаливых мутаций для компетенции SARS-CoV-2, поскольку они могут повлиять на вторичную структуру вирусной РНК с последствиями репликации и соответствующими взаимодействиями вирусного генома с вирусными и вирусными генами. / или клеточные белки. Более того, при попытке понять различия в вирусной трансмиссивности и патогенезе могут стать важными более далеко идущие последствия мутаций SARS-CoV-2, такие как их влияние на эффективность трансляции или выбор кодона.
Интересно отметить, что, хотя последняя испанская коллекция мутаций SARS-CoV-2 содержит четыре мутации в шиповом гликопротеине, в более ранние моменты времени мутация D614G в положении 23,403 отсутствовала (Таблица 10A). В таблице 10B, описывающей частоты мутантов между 19.01.2020 и 20.01.2021, мутант 23403 присутствовал примерно в 80%, тогда как во Франции и Англии распространенность была> 96%. Более того, за период с 01/2020 по 01/2021 количество мутаций в 38 последовательностях превышало пороговое значение в 2%. Преобладающие мутации достигли значений около 80% представительства. Переходы C в U (T) составляли 50%. Среди новых мутаций 17 показали распространенность> 10%, восемь из них -> 20%.
По состоянию на 31 марта 2021 г. частота вызывающих озабоченность вариантов B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525 составляла 4352, 31, 20, 2 и 18, соответственно (таблица 2).
Германия
Во время пандемии мы составили таблицу случаев появления мутантов SARS-CoV-2, которые возникли в период с февраля по 23 марта (DE-I) (Weber et al, 2020), с февраля по 17 июня (DE-II), 24 июня. до 28 августа (DE-III) последний изолят с только 17 последовательностями, доступными для анализа, а с 10 сентября по 13 октября (DE-IV) с 70 последовательностями. Помимо преобладающих мутаций, было относительно мало мутаций, превышающих 10% -ное представительство во временных рамках DE-II. Среди 33 мутаций в последовательности РНК SARS-CoV-2 (таблица 11A), семь принадлежали к ранее описанному набору долгосрочных превалирующих последовательностей — в положениях 241, 1059, 3037, 14,408, 23,403, 25,563, 28,881 с изменениями кодирующего кадра, как указано в предыдущих таблицах. В образце DE-III четыре из этих долгосрочных преобладающих мутаций достигли 100% -ного представительства, две исчезли, а мутация 28 881 осталась на уровне примерно 53%. Шесть мутаций можно было обнаружить исключительно в образцах DE-III из Германии, в позициях 3602 (CA → TA), 6941 (CT → TT), 21 855 (CT → TT), 25 505 (AA → GA), 25 906 (GG → CG).), 28 869 (CA → TA), все они составляют 29% представительства. Были обнаружены мутации в шести положениях, которые наблюдались также у изолятов из других стран, как указано, и все они показали умеренную частоту. 9А). В течение примерно месячного интервала времени с 10 сентября по 13 октября (DE-IV), который непосредственно предшествовал заметному росту случаев COVID-19 в Германии, было выявлено 23 новые мутации, шесть из которых достигли распространенности> 20% и семь из> 10% в изученных последовательностях SARS-CoV-2. За тот же период 4 из распространенных мутаций были представлены в 100% последовательностей, одна — 28 881 в 54%.
В таблице 11B указано общее количество мутаций и вариантов до 20 января 2021 г. из полных последовательностей GISAID с 52 записями при частоте встречаемости> 2%. Преобладающие мутации достигают около 86% встречаемости. Только в трех сайтах мутации были обнаружены на уровне> 10%. Переходы от C к U были зарегистрированы в 46% исследованных сайтов (Таблица 11B).
Влияние на способность кодированияЗа исключением точечной мутации в 6 941, которая была синонимична, пять других мутаций не были синонимичными: 3 602 his to tyr (nsp3); 21 855 сер к фен (nsp3); 25 505 глю к arg (белок ORF3a); 25 906 гликоль / л до arg (белок ORF3a); и 28 869 пролей-лей (фосфопротеин нуклеокапсида).
По состоянию на 31 марта 2021 г. частота вызывающих озабоченность вариантов B.1.1.7, B.1.351, P1, B.1.429 + B.1.427 и B.1.525 составляла 21 038, 652, 63, 6 и 123, соответственно (таблица 2).
Китай
В декабре 2020 года первые случаи COVID-19 были зарегистрированы в Ухане, провинция Хубэй в Китае, как сообщается, среди рабочих и клиентов рынка морепродуктов Хуанань. Китайские власти в конечном итоге отреагировали очень строгим закрытием в провинции Хубэй, эпицентре COVID-19, чтобы ограничить распространение новой болезни. В настоящее время, как сообщается, большинство новых случаев COVID-19 регистрируется в Шанхае и некоторых других местах. Анализ мутантов SARS-CoV-2 до 18 марта 2020 г. (CN-I) выявил точечные мутации только в двух положениях генома: 8782 (CC → TC, без аминокислотных замен) и 28 144 (TA → CA, вызывающие лейкоциты). на обмен сер в белке ORF8), оба с частотой 29,3% (Таблица 12A). Расширение нашего исследования мутантов среди относительно ограниченного числа опубликованных последовательностей до периода с 20 марта по 22 июня 2020 г. (CN-II) выявило мутации в пяти из долгосрочно преимущественно затронутых положений последовательностей: 241 (CG → TG с частотой 69,7% без изменений кодирования), 3037 (CT → TT, с частотой 69,7%, без изменений кодирования), 14408 (CT → TT с частотой 57,6% и изменение кодона pro на leu в гене для РНК-зависимой РНК-полимеразы), 23 403 (AT → GT с частотой 66,7% и обмен asp на гли в спайковом гликопротеине) и 28 881 (GGG → AAC с частотой 33,3% и кодонный обмен arg -gly to lys-arg, о котором сообщалось ранее). Примечательно, что новые общие точечные мутации в положениях 8,782 и 28,144 исчезли в более поздний момент времени (Таблица 12). Эти последние мутации могли быть занесены в Китай приезжим или бизнес-путешественником, а затем вымерли, потому что они не давали сильного эволюционного преимущества или из-за недостаточного секвенирования. Общее количество мутаций до 20 января представлено в таблице 12B. О встречаемости вариантов из Китая очень мало данных (табл. 2).
Обсуждение
Генетика SARS-CoV-2 потребует глубокого анализаЦелью этого проекта было проследить генетическую эволюцию SARS-CoV-2 после того, как вирус преодолел барьер хозяина и во время последующей крупной пандемии среди людей. Вирус продемонстрировал большой репликативный и мутагенный потенциал и проник в большую человеческую популяцию, насчитывающую 7,8 миллиарда человек, которая ранее не сталкивалась с SARS-CoV-2. В этом контексте основной вопрос состоял не в том, чтобы понять вирусный мутагенез в целом в его биохимических или генетических деталях, а в том, чтобы идентифицировать мутанты, которые показали потенциал для распространения с возможными преимуществами приспособляемости. Какие мутанты и варианты будут обладать способностью сохраняться и размножаться в ходе быстрого распространения SARS-CoV-2 в человеческой популяции? Будет непрекращающейся долгосрочной задачей добиться результатов и динамики соревнований в этой 29, 903 нуклеотида в вирусном геноме были противопоставлены примерно 3 миллиардам в геноме человека. SARS-CoV-2 имеет репертуар мутирующих сайтов на участке из 29 903 нуклеотидов, который не может быть изменен только путем введения точечных мутаций, но может быть расширен за счет почти неисчерпаемой комбинации множественных мутаций в одном и том же геноме путем делеций и вставок. Еще до того, как вирусное доминирование в человеческой популяции началось, SARS-CoV-2 уже совершил серьезный скачок, его переход от животного к новому человеческому хозяину, недокументированный самостоятельный шаг, в котором мутагенез и отбор, должно быть, сыграли важную роль. роль. Таким образом, влияние этнических и социально-экономических различий в человеческой популяции следует рассматривать как важные факторы. Обобщая все анализы мутаций, 13).
Конечно, это резюме предлагает только широкую временную корреляцию данных о мутантах и масштабов пандемии в отдельных странах. Высокая текущая заболеваемость COVID-19 сопровождается большим количеством новых мутаций и вариантов, хотя эта взаимосвязь не наблюдалась в Бразилии или России, возможно, из-за отсутствия соответствующих данных из этих стран. В ожидании будет еще одна задача — оценить реальный успех многочисленных программ вакцинации COVID-19.
Более 650 публикаций об «эволюции геномов SARS-CoV-2» внесены в список PubMed, что свидетельствует о постоянном интересе к этой теме исследования. Здесь мы не можем осмысленно резюмировать эту обширную литературу. Недавняя публикация (MacLean et al, 2021) исследовала, как естественный отбор у вероятного исходного хозяина SARS-CoV-2, сарбековирусову подковообразных летучих мышей, возможно, способствовал появлению «универсального вируса», который, по-видимому, без значительного дальнейшего мутагенеза стал полностью приспособленным для функционирования в качестве эффективного патогена от человека к человеку. Авторы признали возможное существование промежуточного хозяина между летучими мышами и человеком. Фактически, происхождение SARS-CoV-2 остается неясным и останется областью продолжающихся исследований и дискуссий [WHO-2019-nCoV-FAQ-Virus_origin-2020.1-eng.pdf (122.6K)].
Репликация и выборПараллельно с быстрым распространением SARS-CoV-2 в гетерогенных популяциях во всем мире наблюдается рост новых мутаций. В этом отчете мы изучили мутации в последовательностях РНК SARS-CoV-2, выделенных в Великобритании, Южной Африке, Бразилии, США, Индии, России, Франции, Испании, Германии и Китае, которые стали доступны в базе данных GISAID. в течение одного года с 19 января 2020 г. по 20 января 2021 г. и далее до 31 марта 2021 г. (пересмотренные таблицы 1 и 2). Мы изучили рост новых мутаций как с использованием подмножеств последовательностей, разделенных по дате, так и в целом в большом поперечном сечении. Похоже, что в течение 2020 года и в первом квартале 2021 года было обнаружено больше комбинационных мутаций, которые быстро распространялись, несмотря на блокировки и другие усилия по сдерживанию распространения, возможно, из-за потенциальной повышенной трансмиссивности и патогенности SARS-CoV-2. Текущие данные совместимы с интерпретацией, согласно которой быстрое региональное расширение и эффективная репликация вируса в человеческих популяциях с очень разным генетическим и социально-экономическим происхождением усиливают отбор новых мутаций в геноме вирусной РНК. Различия в защитных механизмах, действующих в различных популяциях, инфицированных SARS-CoV-2, и / или различные терапевтические меры, применяемые для борьбы с инфекцией, также могли повлиять на отбор новых мутантов. Неизвестно, проводился ли отбор конкретных мутаций в зависимости от региона или другие факторы могли способствовать различиям в уникальных и общих новых мутациях.
На рисунке 1 и в таблицах 1 и 2 указано количество новых вариантов в каждой стране по состоянию на 31 марта 2021 года. Скорость, с которой вирус распространялся даже во время блокировки, подчеркивает сложность подавления передачи высококонтагиозных респираторных вирусов. К настоящему времени стало очевидно, что новые варианты могут быть связаны с усилением патогенеза, хотя необходимо провести дополнительные исследования. Предварительное открытие повышенной трансмиссивности вариантов B.1.1.7 и B.135 препятствует попыткам сдержать вирус (https://khub.net/documents/135939561/338928724/SARS-CoV-2+variant+under+investigation % 2C + meeting + minutes.pdf / 962e866b-161f-2fd5-1030-32b6ab467896 ;https://virological.org/t/preterior-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike- мутации / 563 ; Рамбаут и др., 2020 ; препринт: Cheng et al, 2021 ; https://www.cogconsortium.uk/wp-content/uploads/2021/01/Report-2_COG-UK_SARS-CoV-2-Mutations.pdf ; Тегалли и др., 2021 г. ; Volz et al, 2021 ; Wibmer et al, 2021). Ожидается, что вакцины будут работать против новых вариантов, хотя некоторые из них обладают меньшей эффективностью (https://www.janssen.com/johnson-johnson-announces-single-shot-janssen-covid-19-vaccine-candidate-metprimary- конечные точки) ;https://ir.novavax.com/news-releases/news-release-details/novavax-covid-19-vaccine-demonstrates-893-efficacy-uk-phase-3 ; препринт: Wang et al, 2021 ; Xie et al, 2021), но следует проявлять осторожность, чтобы следить за более агрессивной вирусной эволюцией как следствие программ вакцинации.
Возникновение новых мутаций и вариантов с новыми свойствами — гипотезаПосле первоначальной демонстрации распространенности около 10 мутантов по крайней мере в 10 разных странах, SARS-CoV-2 эволюционировал, чтобы показать новые точечные мутации во всем мире, которые были отобраны среди затронутых популяций в течение нескольких недель (таблицы 3, 4A, B до 12A, B). Как показано в столбце 5 таблицы 13, количество новых точечных мутаций в некоторых из проанализированных стран колебалось от 16 до 38. В результате высокоэффективных программ секвенирования в Великобритании (UK Consort) ранее нераспознанные варианты начали меняться. появятся в конце 2020 года и в настоящее время распространяются по всему миру (Рисунок 1, Таблица 2). Влияние этих и будущих вариантов на возможное повышение вирусной патогенности в настоящее время невозможно предсказать. Недавно появились доказательства того, что вариант B.1.1.7 показал повышенную инфекционность SARS-CoV-2, а также более тяжелые формы и более высокую смертность от COVID-19 (Davies et al, 2021 ; https://khub.net/ документы / 135939561/338928724 / SARS-CoV-2 + вариант + в стадии + расследования% 2C + встреча + протокол. pdf / 962e866b-161f-2fd5-1030-32b6ab467896).
Частота переходов C в U у мутантов SARS-CoV-2 колеблется от 40,7 до 65,2% (см. Таблицы 4A – 12A и Таблицу 13) и предполагает связь с механизмом редактирования мРНК (Di Giorgio et al, 2020 ; Simmonds, 2020 ; Вебер и др., 2020). Неизвестно, как и когда в инфекционном цикле клеточные цитозиндезаминазы будут взаимодействовать с РНК SARS-CoV-2, чтобы управлять этим мутагенным механизмом. Клеточный фермент, редактирующий мРНК аполипопротеина B, каталитический полипептидоподобный (APOBEC), был бы вероятным кандидатом для обеспечения этих ферментативных активностей. Класс APOBEC цитидиндезаминаз, редактирующих мРНК, вызывает дезаминирование цитозина до урацила (Anant & Davidson, 2001). Более того, высокая частота переходов C в U (T) делает исследование присутствия метилцитозиновых оснований в РНК SARS-CoV-2 проектом, представляющим значительный интерес. Кроме того, введение 14 точечных мутаций и 3 небольших делеций в геном B.1.1.7 также свидетельствует в пользу редактирования мРНК как правдоподобной модели. Интересно, что функция редактирования APOBEC была интерпретирована как клеточная защита от вторжения вирусных геномов. Следовательно, SARS-CoV-2, похоже, использует именно этот механизм для усиления своего мутагенного потенциала.
Этот высокоэффективный механизм клеточного дезаминирования поднимает вопрос о том, как вирусный геном можно со временем спасти от серьезного истощения оснований C / G. Скрининг на наличие обменов A или T на C или G среди мутаций, описанных здесь (Таблицы 3–12), показывает значения 9–23%, которые были идентифицированы в мутациях из Великобритании, Южной Африки, США, Индии, и Германия. Очевидно, что остается много нерешенных вопросов о механизмах вирусного мутагенеза.
Будет ли постоянный отбор новых мутантов влиять на успех терапевтических или вакцинационных стратегий?
Существует множество источников вакцин против COVID-19, доступных сейчас или на различных стадиях разработки, в том числе от Pfizer / BioNTec; AstraZeneca / Оксфордский университет; Moderna / Национальные институты здравоохранения США; Джонсон и Джонсон Новавакс; Curevac / Bayer и фирмы в России (Sputnik V), Китае, Индии и многих других. В настоящее время невозможно оценить общую долгосрочную эффективность вакцин против инфекций SARS-CoV-2. Доступные сейчас вакцины продемонстрировали высокий уровень клинической эффективности. Однако есть также предварительные данные, предполагающие, что эволюция вирусных вариантов могла снизить эффективность нескольких вакцин против одного из новых вариантов SARS-CoV-2 (https://www.janssen.com/johnson-johnson-announces- однократная вакцинация-кандидат-ковид-19-вакцина-кандидат с первичными конечными точками ;https://ir.novavax.com/news-releases/news-release-details/novavax-covid-19-vaccine-demonstrates-893-efficacy-uk-phase-3 ; препринт: Wang et al, 2021 ; Xie et al, 2021). Появление новых вариантов и мутантов SARS-CoV-2 в короткой временной последовательности (см. Таблицы 1 и 2) и их трудно поддающееся оценке влияние на патогенность in vivo.еще больше усложняют прогнозы относительно будущей эффективности вакцины в настоящее время. Например, некоторые из ранних лабораторных оценок эффективности по сравнению с новыми вариантами были сосредоточены на нейтрализации сывороткой от иммунизированных лиц; однако клиническая эффективность вакцин, вероятно, будет также зависеть от клеточно-опосредованного иммунитета (Burioni & Topol, 2021 ; Rubin & Baden, 2021). Хотя оценки эффективности вакцины in vitro важны, окончательная оценка эффективности вакцины — это клинический ответ (Burioni & Topol, 2021 ; Rubin & Baden, 2021). Недавний предварительный отпечаток medRxiv от Clalit Health Services, крупнейшего поставщика медицинских услуг в Израиле, предлагает очень предварительные доказательства того, что южноафриканский вариант имеет более высокий уровень распространения вакцины, чем можно было бы ожидать с учетом его распространенности. Несмотря на то, что он не прошел рецензирование, а количество невелико, а мощность ограничена, он подчеркивает необходимость бдительности и постоянных усилий по определению последовательности. Более того, уже существуют сложные и конкретные планы по изменению вакцин против COVID-19, чтобы компенсировать возможные ускользающие мутанты. SARS-CoV-2 — новый и развивающийся патоген. Эффективные вакцины были разработаны в течение одного года после идентификации патогена, что представляет собой удивительно короткий срок. Изобретательность и фундаментальные исследования, вероятно, предложат решения, которые помогут контролировать распространение SARS-CoV-2 и будущих вирусов.
Ограничения этого исследованияУчитывая сложность механизмов и скорость, с которой продолжают возникать новые мутации SARS-CoV-2, этому подходу присущи ограничения на их изучение. Для упорядоченного представления данных необходимо было обрезать время. Мы выбрали 20 января и для данных в таблицах 1 и 2Март 2021 года для включения новых мутаций. Кроме того, необходимо было рассмотреть вопрос о редакционной работе над рукописью. Конечно, это был принцип развития мутантов, который нас интересовал, и поэтому пришлось пойти на компромисс в отношении даты и количества включений. Мы решили обратиться к мутациям, изолированным и секвенированным в 10 разных странах, и знали, что таким образом мы пропустили интересные мутации в других местах, которые, вероятно, были отобраны в особых условиях окружающей среды. Более того, несомненно, будет непреднамеренная ошибка отбора в том, что GISAID, наш основной источник задокументированных последовательностей, мог сосредоточиться на вирусных изолятах, вызывающих наиболее тяжелые формы COVID-19. По факту, Это будет очень полезная тема для будущих исследований по корреляции конкретных симптомов и / или тяжести COVID-19 с типами, вызывающими мутации SARS-CoV-2. Скорее всего, станет сложной задачей анализ мутантов, которые возникнут в ответ на обширные всемирные программы вакцинации против SARS-CoV-2.
Материалы и методыМы проанализировали полные последовательности генома SARS-CoV-2 с известными датами отбора проб, которые были загружены из GISAID, (i) были включены только полные последовательности. (ii) Для выбранного периода времени были включены все полные последовательности с датой отбора проб из каждой страны. Последовательности были объединены в соответствии с датой отбора проб. iii) Последовательности по странам были отфильтрованы по странам с использованием интерфейса GISAID (Shu & McCauley, 2017). Нуклеотидные последовательности из Великобритании, Южной Африки, Бразилии, США, Индии, России, Франции, Испании, Германии и Китая сравнивали с эталонным геномом изолята SARS-CoV-2 из Ухань-Hu-1, ссылка NCBI Последовательность: NC_045512.2. Программы Vector NTI Advance ™ 11 (Invitrogen ™), Tool Align X или SnapGene (GSL Biotech) с использованием алгоритма MUSCLE (сравнение множественных последовательностей по логарифмическому ожиданию) для выравнивания последовательностей. Аминокислотные последовательности также анализировали с помощью программы SnapGene. Анализ последовательности ДНК обратных транскриптов генома РНК должен быть рассмотрен с учетом возможности того, что ошибки могли быть внесены на нескольких этапах, например, из-за предпочтительных ошибок чтения обратной транскриптазы из-за специфической последовательности или структурных свойств SARS-CoV- 2 РНК. Мы попытались преодолеть это очевидное осложнение, проанализировав большое количество геномов. Проценты были рассчитаны путем деления количества последовательностей с мутацией, которые были взяты в выборку в то время и доступны в базе данных, на общее количество полных последовательностей с известной датой выборки. В дополнение к определению мутантов для определенных промежутков времени в десяти странах, общее количество индивидуальных мутаций также было определено во всех последовательностях, депонированных в GISAID до 20 января 2021 г., с помощью GESS (Global Evaluation of SARS-COV-2 / Последовательности hCOV-19 (Collieret al, 2021), а также CoV-Glue (препринт: Singer et al, 2020) и PANGOLIN (Филогенетическое присвоение названных глобальных LINeages) https://github.com/hCoV-2019/pangolin) (Rambaut et al, 2020).
В настоящем исследовании, несколько произвольно, мы установили отметку 2% мутаций на данном нуклеотиде в вирусной последовательности в качестве порогового значения для статуса горячей точки и регистрации мутаций в таблицах 3–12. Последовательности РНК SARS-CoV-2, исследованные на предмет мутантного статуса, были депонированы с интервалами времени 2020 года следующим образом:Бразилия: 25.02 — 15.08.2020; Китай-I: 23.12.2019 — 18.03.2020; Китай-II: 20.03 — 22.07.2020; Франция: апрель — 12.09.2020; Германия-I: с февраля по 23.03.2020; Германия-II: с февраля по 17.06.2020; Германия-III: 24.06 — 28.08.2020; Германия-IV с 9 октября по 13 октября; Индия: с 27.01 по 27.05.2020 и с 06.03 по 07.04.2020; Россия: 24.03 — 07.06.2020; Южная Африка: с 09.01 по 12.07.2020; Испания: с 01.06 по 20.09.2020; Великобритания: 29.01–12.04.2020; US-I: 29.02 — 26.04.2020; US-II: 12.06 — 07.07.2020; US-III: с 09.07 по 22.07.2020; и US-IV с 08/01 по 12/01. Некоторые из данных были представлены ранее в таблице 1 Weber et al, 2020 (Weber et al, 2020), но были снова включены здесь для сравнения. Эти данные отмечены звездочкой.
Доступность данныхНаборы данных, полученные в этом исследовании, доступны в следующих базах данных: последовательности генома SARS-CoV-2: Глобальная инициатива по обмену данными о птичьем гриппе (https://www.gisaid.org/), выравнивание последовательностей генома SARS-CoV-2: Google Диск (https://drive.google.com/drive/folders/1gWq1_jf2Seatl36KtalH7__8GHudOg5u?usp=sharingисточник