جفرسون در مقام ریاستجمهوری، برخی امتیازها به مخالفانش داد؛ ازجمله با پیروی از توصیه همیلتون، به تقویت نیروی دریایی آمریکا پرداخت. در سال ۱۸۰۱، ناوگانهای دریایی و تفنگداران دریایی را برای سرکوب دزدی دریایی بربرها که کشتیرانی آمریکا را تهدید میکرد، اعزام کرد.
