Jan Paweł II stopniowo poznawał problem pedofilii w Kościele, a mówiąc ściśle wykorzystywania seksualnego małoletnich przez duchownych. Decyzje jakie podejmował, okazują się po dziś kluczowymi dla oczyszczenia Kościoła z tych przestępstw. Był też pierwszym w historii papieżem, który wydał zdecydowaną i systemową walkę temu zjawisku.