В течение более чем трёх месяцев – с декабря 2018-го по март 2019-го – Генпрокуратура РФ проводила тотальную проверку Федерального агентства по рыболовству и подведомственных учреждений. В начале марта прокуратура составила акт, в котором перечислила выявленные нарушения. Исходя из документа, нарушения совершались руководителями агентства. В общей сложности ущерб федеральному бюджету составил два миллиарда рублей. В акте проверки сказано, что в Федеральном агентстве была неправильно организована работа комиссии по расторжению договоров о закреплении долей квот вылова биологических ресурсов предприятиями, которые за два года не освоили закреплённую за ними квоту. Согласно статье Федерального закона «О рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов» существует норма, направленная против «компаний-рантье», которые не обладают своими судами для добычи рыбы и продают свою квоту другим предприятиям. Каждый год до 1 апреля специальная комиссия, возглавляемая заместителем руководителя Росрыболовства Петром Савчуком, утверждает список таких компаний. Далее высвободившиеся квоты отправляются на аукцион. Однако, как сообщалось выше, Генпрокуратура постановила, что работа комиссии была организована неверно. Например, в 2017 году заседание по выявлению «компаний-рантье» было организовано только в сентябре. При этом компании, которые могли потерять квоты, были куплены другими владельцами. Вследствие этого государственный природный ресурс, вместо того чтобы попасть на аукцион, перешёл в частное владение. Если бы аукцион состоялся, то государство могло получить доход в размере 1,5 миллиарда рублей. Прокуратура постановила, что замруководителя Росрыболовства Пётр Савчук нарушил законодательство о предоставлении разрешений на вылов морских млекопитающих. Косатки и белухи были незаконно добыты из бухты Средняя Приморского края. Савчук подписал приказ о выдаче разрешений на добычу млекопитающих всего за три дня до подписания приказа Минсельхоза РФ о запрете добычи косаток и белух в культурно-просветительских целях. В акте Генпрокуратуры сказано, что Савчук знал о готовящемся приказе министерства.
