Зейская ГЭС обеспечивает защиту Амурской области от пиков паводка
Через гидроагрегаты станции, участвующие во вторичном регулировании частоты, срабатывается 1250±80 м³/с. За прошедшие сутки приток воды в водохранилище составил 2630 м³/с. Амурским БВУ (Росводресурсы) был установлен режим работы Зейского водохранилища, при превышении уровня верхнего бьефа у плотины гидроузла отметки 317,5 м, средним сбросным расходом в диапазоне 2500-3000 м³/с с допустимым отклонением ±100 м3/с. Указанный режим работы станции соблюдается.
С начала паводкового периода в водохранилище аккумулировано 21,8 км³ воды. Эта вода не прошла вниз по течению, что позволило значительно сгладить негативные последствия паводка для населенных пунктов, находящихся ниже по течению.
Средний приток за период с 1 по 18 августа составил 3 310 м³/с при среднемесячной норме 1 786 м³/с.
В филиале работает паводковая комиссия для обеспечения эффективной и надежной работы оборудования и сооружений Зейской ГЭС в половодно-паводковый период. Заключены соглашения об информационном взаимодействии в период пропуска паводка с правительством Амурской области, администрациями г. Зеи и Зейского округа, областной, городской и районной паводковыми комиссиями, органами МЧС Амурской области, г. Зеи и Зейского района.
Режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуск паводков на ГЭС устанавливает Федеральное агентство водных ресурсов (Росводресурсы) с учетом рекомендаций Межведомственной рабочей группы, в состав которой входят представители МЧС России, Минсельхоза России, Росрыболовства, Росморречфлота, АО «СО ЕЭС», органов исполнительной власти субъектов Федерации и др.