سیدمحمد موسویخوئینیها طی دورههای مختلف کمکم از عرصه سیاست رسمی فاصله گرفت و پس از توقیف روزنامه سلام در سال ۱۳۸۴، بهعنوان دبیرکل مجمع روحانیون مبارز برگزیده شد. با این حال بعد از حوادث سال ٨٨ کمتر سخنی از او منتشر شد تا اینکه خوئینیها یک روز پس از درگذشت اکبر هاشمیرفسنجانی در ٢٠ دیماه سال ٩٥ کانالی را در تلگرام ایجاد کرد و پیام تسلیتی برای درگذشت هاشمی فرستاد.
