При увеличении скидки надо выставить корректировочный счет-фактуру
В новом счете-фактуре надо заполнить номер и дату документа в строке 1, а в строке 1б записать номер и дату первого корректировочного документа (письмо Минфина России от 26.05.2015 № 03-07-09/30177).
Кроме того, надо рассчитать показатели между новой ценой и стоимостью товаров после первой скидки. Для этого в строку А надо перенести данные из строки Б первого корректировочного документа.
Пример
Поставщик отгрузил товар за 118 тыс. руб. (НДС — 18 тыс. руб.). А затем предоставил скидку, цена снизилась до 114 460 руб. (НДС — 17 460 руб.).
После повторной скидки цена товара составила 108 737 руб. (НДС — 16 587 руб.). В строках, А и Б второго корректировочного счета-фактуры надо записать стоимость и сумму НДС после первой скидки и после второй.
В строке Г: в графе 5 — 4850 руб. ((114 460 руб. – 108 737 руб.) : 118 × 100), в графе 8 — 873 руб. (17 460 – 16 587), в графе 9 — 5723 руб. (114 460 – 108 737).