W sezonie 2001/2002 ostatni raz Stomil Olsztyn grał w ekstraklasie. Od tamtego czasu klub grał na różnych szczeblach rozgrywkowych. Druga dekada XXI wieku to jednak regularna gra na poziomie I ligi. Wszystko zaczęło się zmieniać, i to niestety na gorsze. Dwa lata temu był spadek do II ligi. W obecnym sezonie za to Stomil spadł do III ligi. Tak źle w Olsztynie nie było od 17 lat! To klęska całego regionu, który staje się piłkarską pustynią.
