Музей расположен в двух зданиях: «Дом инженера Б. Шарданова» и «Екатеринодарская контора госбанка», построенных в начале XX-го века. Основатель музея — Фёдор Акимович Коваленко. В советское время музей носил имя Луначарского, в новое время ему возвращено имя основателя. Наиболее значимые экспонаты музея представлены в экспозициях «Русское искусство», «Искусство Нидерландов XVI века» и «Русский авангард».
