Музей был открыт 9 мая 1950 года подполковником Борисом Александровичем Сушковым. Под его командованием была проделана огромная работа по сбору экспонатов истории Тихоокеанского флота. Большая часть экспонатов была вывезена из Порт-Артура. Научные экспедиции на Камчатку и Командорские острова тоже принесли материалы по освоению дальнего Востока. С Курил поступили экспонаты периода войны с Японией в 1945 году. До 1997 года музей располагался в здании лютеранской кирхи, находящейся неподалеку.
