Бројот на охридската пастрмка е намален за десетици пати во периодот на независна Македонија. Прекумерниот риболов е еден од факторите што може да доведе до истребување на овој вид, а истражувања покажуваат и ризик од хемиско загадување во услови на несоодветна институционална заштита
