Охридското Езеро се загадува од отпадни води од бројни нелегално изградени објекти, колекторскиот систем не издржува при обилни дождови, а дополнително загадување носат и реките. Поради тоа езерото забрзано ги губи популациите на риби, полжави и други ендемски видови стари милиони години.
